GFF文件不能获取基因与mRNA的对应关系文件

老师,我是gff文件,不是gff3文件,

attachments-2020-11-bOUmMc9Y5faebc3eb9ee9.png运行命令"perl ../script-1/mRNAid_to_geneid.pl Paab.1_0b.gff1 mRNA2geneID.txt"得到的文件夹是空的,只有列名,按照https://www.omicsclass.com/article/816方法处理还是不行,请问上面原因啊?


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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

试试这个修改一下:先把gene 搜索替换成mRNA,再参考这里修改一下:

可以参考这里:https://www.omicsclass.com/article/816

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zhyx6511

老师,你好,我已经修改成这样,但是还是不行啊?

attachments-2020-11-HCPEsDiI5faff056dbeab.png

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