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老师，比如hmmsearch 的输出文件WRKY_domain_new_out.txt只能筛选50个ID信息，而我想输出列表筛选显示更多的ID，将E值调大，怎么做

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下图蓝色块是我想研究的结构域，按老师讲的脚本应该$a[9]==3，可是为什么提取不到这部分的结构域序列呢？请问哪里是不是错了呢？我该怎样调整呢？之前做的这个文件geneid2mRNAid.txt也是空的。

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无法运行meme

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3 如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家族成员ID，得到了家族成员列表，后续的基因家族分析中都再用WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt,而不用confirmed_IDlist.txt。我用了一下后者，后续文件提取不成功。如果只有家族成员ID，没有hmmsearch的输出文件，后续的基因家族分析怎么做

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哥，您好，如何检查GFF文件里面的mRNA ID是否对应一致，或者如何改脚本，get_gene_weizhi.pl

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3 为什么预测基因家族顺势原件位置信息出来是空表

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基因 定位到染色体时，获取染色体的位置信息报错[fai_build_core] different line length in sequence 'Chr2'. zsh: segmentation fault samtools faidx all.fa

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为什么第一次搜索结构域搜出来是空的？

  • 2019-11-05 09:17
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hmmsearch的输出文件的E值可以向大调吗？

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老师你好，关于基因家族成员的鉴定

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本地blast,查询模式物种的蛋白家族

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hmmer搜索提取结构域时出现错误

  • zhoy 2019-10-31 15:25
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老师好，有个文章中的基因家族成员列表中的Genomic locus的 BAC/PAC name与注释文件中 的基因ID名称不一致 ，我想知道这些BAC/PAC name与基因ID的区别以及怎样通过这些 BAC/PAC name找到注释文件中的对应ID名称。

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获得结构域后进行clustalw比对没有结果

  • zhoy 2019-10-30 12:18
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老师您好，这两天在ensembl上下大豆整个的注释文件之后，打开发现转录本ID不是基因名而是KRH.....这种的名字，这样的话课上给的那些文本处理脚本很多用不了请问该咋办呀。

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如何用荧光定量数据绘制热图？

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具有两个结构域的基因家族的分析

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大麦基因家族分析时，进行基因结构分析时，hmmer提不到外显子gff文件是为什么？手动可以搜到

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有个问题想请教一下大家，从数据库中下载的原始数据的gff文件，他们是怎么得到这些基因的注释信息的的，测完序后根据序列比对吗？

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您好您看我挂机了为什么还是打不开这个TXT啊