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关于mcscan问题

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基因共线性

  • ollo 2019-10-05 12:37
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基因家族分析文章：筛选时为什么选用基因组数据库的编码蛋白，而不是蛋白组数据库？

  • 2019-10-04 16:38
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老师，构建拟南芥特异性nbs基因家族hmm文件进行hmmsearch（e-20）搜索到的序列还需要到pfam或CDD进行再次搜索验证么，不进行这一步可不可以

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基因家族在求串联复制是，是自己写perl 脚本根据在染色体上距离不超过200kb来计算，还是要MCScanx的计算结果好呢？

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你好，我想问一下，为什么分染色体提取的序列有的能全部提取到，有的只能提取到一条？谢谢！老师您好，您看看这个输入文件，是不是有问题？谢谢

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基因家族分析circos里的colline_v2.pl脚本输出文件都是0怎么解决？

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GSDS网站最近一直打不开，请问有没有别的软件可以绘制基因启动子顺式作用元件的

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顺势作用元件问题

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3 老师你好，我想问信息检索的问题，同样查询NBS蛋白序列，想用他俩的NBS序列与拟南芥的NBS序列做blastp。搜索页面出现的关键字不一样？他们有什么关系吗？我该怎么下载？谢谢老师。

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为什么基因家族的序列建树一般用邻接法？可不可以用最大简约、最大似然什么的方法呢？

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基因家族分析中的在界定完基因家族后，序列比对是只用基因的domain序列来比对？那有时如何从整个基因序列截取出domain序列的？

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基因家族成员命名

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请教：基因与mRNA的对应关系分析不正确

  • zhoy 2019-09-15 20:42
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不同物种之间的共线性分析

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如何针对没有基因组，只有无参转录组数据，鉴定筛选一个基因的家族成员并进行分析

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5 基因组立调出来序列与NCBI上下载序列有差别

  • ollo 2019-09-12 20:44
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关于基因家族共线性分析：MCScanX和circos都可以做共线性分析，有区别吗

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基因家族鉴定问题

1 解决

5 两个物种circos