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5 mcscan中存在AT相关文件，为何还是提示不存在

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MCScanX 使用中需要的简易gff脚本

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5 老师，您好！在进行python版mcscan 共线性分析时，当执行#绘制共线性图片：准备两个配置文件为输入文件，出现以下错误layout文件是如何制作和生成的，改了好多次都没成功，里面的内容是在txt里写入的还是用Excel编辑后保存为制表符分隔格式；还有mcscanx里面的染色体输入文件也是读入出错。

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5 老师，您好！在进行不同物种之间的共线性分析时，当执行#绘制共线性图片：准备两个配置文件为输入文件： /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype --format=pdf --figsize=15x5 mcscan_seqid mcscan_layout这个命令时出现了错误，绘制的共线性图也不对，这是怎么回事呢

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circos图的名字显示问题

  • 2019-08-12 13:41
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基因外显子结构分析

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5 构建进化树bootstap值自动变动及结构域的选择

2 解决

5 老师，您好！我用mapchart构建染色体图时，构建的图好像不太对，数据检查没问题，到底是哪里错了，还是因为软件的文件丢失，如果是软件的问题是需要重新下载吗？

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5 串联重复基因定义

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5 在做无参考基因组的基因家族分析时，我能否用hmm方法用pfam号筛选全长转录组的di19家族成员

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5 请老师帮忙看看为啥一样的操作，将anchors.simple更新了基因家族的数据进去就做不出来图了，不添加基因家族信息可以作图，而且名字改了 对应的mcsacn.layout 也改了

  • FIFA 2019-07-29 18:45
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5 老师，我按照您的方式把序列路径也填上了，可还是没读进去，帮忙再看看，谢谢

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基因家族分析

2 解决

5 我的转录本数据和gene ID不一致，所以我用的转录本ID来做的circle绘图，但是进行不下去

  • FIFA 2019-07-28 22:05
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5 我下载了Mac版的clustalW的软件可是在第一步输入序列上出现问题，序列输不进去，希望能帮忙解答,谢谢

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5 用TBtools组合进化树、motif时出现了下面的情况，请老师指导

  • FIFA 2019-07-27 08:36
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10 MAGEcc跑进化树

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5 基因ID和transcript ID 命名的方法不一致，导致了做出来的基因结构图出现了多个转录本结果 请老师指导，谢谢

  • FIFA 2019-07-24 19:02
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5 老师好，我在虚拟系统中筛选出53个基因，去两个网站上比对结构域，结果不同且差异较大，我选择了pfarm网站中的53个基因。但是再构建进化树时用邻接法却提示我序列差异太大，画不出来。然后我删掉了序列很短的基因6个。就画出来了。请问老师，我是应该筛掉基因还是用最大简约法画树。希望老师指导。谢谢！

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5 提取蛋白结构域序列文件出错