老师,请问我在做基因组间共线性分析,我的gff 文件,和cds 文件格式如下,如何修改这两个脚本文件get _gene _bed.pl和get _fa _by _bed. pl ,才能提取成功进行下一步分析,谢谢!!

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

1.你看下你的CDS序列ID在不在GFF里面,检查一下;如果不在说明两个文件有问题。

2.你的GFF文件第三列只有mRNA信息,缺失GENE信息建议添加一下:https://www.omicsclass.com/article/816


如果检查完毕,就可以继续往下分析了; 

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。。。。。
按照你的方式添加了,但是他的cds 文件中没有基因id ,加了也提取不出来啊,应该要修改一下脚本的吧,
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