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GWAS筛选阈值设置

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在callsnp过程中形成db文件时出错，但是可以形成db文件夹，我继续往下做，gvcf转化成vcf得到的结果文件没有SNP行，只有上边的注释行和表头

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tassel报错，[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0，软件运行有些表型数据时无问题，但大部分表型数据运行时出现该错误

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GWAS中gapit分析没有结果，命令行输入与屏幕输出如下

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gwas分析群体画进化树

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10 我现在有公共数据库其中500＋种子，自己测了这种品种的一些表型，要做GWAS分析的话，请问老师，是通过下载fastq文件，自己组装拼接，然后比对到参考基因组上，然后获得这500个品种的VCF文件，然后进行GWAS分析吗？

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https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下载全基因组测序文件，进行GWAS分析，下载哪几个啊

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https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下载全基因组测序文件，进行GWAS分析，下载哪几个啊

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Tassel进行自己的GWAS分析中，自动分析pca时，不生成pca1~3文件（使用的是服务器）

1 解决

输出的关联区域内基因的文件是空的，难道是因为region_merged.bed内的内容太少了吗

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使用了pop-evol-gwas2.0,还是报错，但是我安装的时候这个2.0特别快，一下就好了。

1 解决

为什么做gwas分析的时候，经过性状数据分析的步骤后，输出的文件种表型只剩317个，都是我的数据应该是340个左右（只是一年的数据）

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在用EMMAX做关联分析时，#kinship 亲缘关系矩阵计算 ibs-kinship emmax-kin-intel64 -v -s -d 10 -o ./pop.kinship.IBS snp_var 用这条命令计算亲缘关系，得到的pop.kinship.IBS全是NA

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在做GWAS关联分析，利用gapit软件报错

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GWAS假阴性过高，请问怎么解决

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在使用gapit完成gwas分析后，出图时出现如下错误，输出的图只有坐标轴

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3 在进行structure分析时，我按照步骤一直做，然后做图那步骤时候，显示没有这个输入文件，想问问问题出在哪里？

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在gwas分析制作进化树时，出现如下报错

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5 Gemma做GWAS的时候，用Gemma自带的文件运行时， mv ./output/kin.sXX.txt . 这步出错了，提示mv: cannot stat ‘./output/kin.sXX.txt’: No such file or directory

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10 请问，做GWAS能用来找小miRNA，小RNA吗？怎么定位小RNA呢？