我现在有公共数据库其中500＋种子，自己测了这种品种的一些表型，要做GWAS分析的话，请问老师，是通过下载fastq文件，自己组装拼接，然后比对到参考基因组上，然后获得这500个品种的VCF文件，然后进行GWAS分析吗？ - 组学大讲堂问答社区

10 我现在有公共数据库其中500＋种子，自己测了这种品种的一些表型，要做GWAS分析的话，请问老师，是通过下载fastq文件，自己组装拼接，然后比对到参考基因组上，然后获得这500个品种的VCF文件，然后进行GWAS分析吗？

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分类：GWAS

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omicsgene - 生物信息 2024-01-28 15:06

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

需要自己下载对应种子的fastq文件，不用组装拼接，比对基因组上就行；之后得到vcf文件就可以做GWAS了：

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周游提出于 2024-01-28 11:27