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3 GWAS 曼哈顿 Manhattan 图像问题

  • John 2025-03-11 11:30
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老师，用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后，出现了报错,分别截图了基因型文件，表型文件和报错信息，请老师解答。文件是用的tsv格式，只是用excel打开了，命令就是将脚本提供的命令中的文件改成了自己的文件

  • zjc 2025-04-09 10:53
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3 GWAS分析程序问题

  • John 2025-03-11 09:17
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怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数？

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单倍型分析报错

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在做GWAS关联分析，利用gapit软件发现不同模型产生的hd.$m.GWAS.Results.txt一模一样

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感兴趣的区域LD热图不包括indel位点？

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在用gemma进行亲缘关系矩阵计算时，已经給fam文件添加表型但还是报错

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关于基因受选择计算

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3 GWAS计算表型数据blup时一直出错

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gwas脚本中的tassel计算变异位点p值的命令中，结果会自动过滤掉indel，如何保留indel，并计算其p值？

  • 2024-09-03 17:57
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tajimaD pi绘图

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gwas根据阈值筛选关联的SNP，并生成bed文件，排序时无法生成标准的bed文件

  • per 2024-08-22 15:07
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在filezilla里，将硬盘里的数据拖进自己建立的文件夹是总是传输不成功，是什么qingkuang

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GWAS分析

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老师您好，为什么在gwas最后的筛选关联区域SNP信息时，总报错错误信息如下，总是被杀掉，vcf文件应该是没有错的，截图如下，输入文件如下，请您帮忙查看，我该怎么修改我的命令

  • WHR 2024-08-04 18:46
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老师我已经用gemma找到了显著位点，现在想将两位点之间连锁不平衡程度r方大于0.35，且标记之间距离在300KB以内整合成一个qtl，应该用什么命令啊？

  • WHR 2024-08-15 12:30
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为什么vcf文件根据不同参数过滤后保留163138个位点但最终LM和LMM进行关联时却只有102296个snp位点？

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通过GWAS分析找到显著snp后，对这个snp进行单倍型分析，把群体分为了3种单倍型，结合表型做了显著性分析，发现3种单倍型的表型不存在显著差异，这样的结果说明这个snp是阴性结果吗？

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老师您好，单倍型分析的图是这样的，我关注的是蓝色框起来的标记，这个snp处于一个高度连锁的区域吗，属于左边的block还是右边的block呢