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tassel 报错

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tassel 报错#文件格式转换

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20 GAPIT使用异常

  • 2022-09-14 22:15
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fastqc $datadir/*.gz -o $workdir/1.fastqc 报错

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执行fastqc $datadir/*.gz -o $workdir/1.fastqc报错

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我根据课程算出了单条染色体某一段区间的FST和pi值，但是画图的时候有问题了，怎么画出单条染色体某一段区间的FST和PI图

  • : ) 2022-07-24 22:26
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5 tassel做GWAS的时候曼哈顿图画不出来

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做GWAS的时候，后面的模型都用到多年数据，只有当年数据怎么解决？

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做GWAS的时候，后面的模型都用到多年数据，只有当年数据怎么解决？

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3 GWAS分析时，基于不同模型分析结果P值计算的膨胀系数相差很大，请问这是什么原因导致，该如何解决。

  • JIE 2022-06-18 10:02
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tassel 报错 SortGenotypeFilePlugin to correctly order the file.

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得到的gene.txt和var.txt文件，一般怎么使用，想请老师指导后续的分析。

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get_gene 得到的gene.txt

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老师您好，想向您请教关于GWAS分析时的问题

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利用gapit，FarmCPU模型做GWAS分析的时候出现ERROR mypower

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GWAS分析中提示Error in hclust(d, method = method) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11) Calls: pheatmap -> cluster_mat -> hclust Execution halted

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在利用GAPIT做GWAS分析的时候，到第二步可视化绘图的时候出error

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利用tassel生成曼哈顿图的时候出error

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5 tassel做PCA分析时候的报错

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老师您好，我想问一下小麦扫描的90K芯片数据进行GWAS分析，在GWAS分析之前，可以跟着你们重测序和群体结构分析的课程进行吗？要是可以的话，重测序所需要的fastq格式的怎么弄，我现在只有基因型的格式（txt）