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群体结构clean.vcf.gz转换成phy文件失败

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泛基因家族分析，系统发育树构建

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老师 就是我在做比较基因分析的时候生成的bed文件是空的 这是什么问题呀

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R环境出现报错

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老师，这是我的gene.list和其他文件的基因，不是只有一个，而且也能对上，但是做domaindomain_final.bed的时候就只有一个基因，我试了WRKY和FAE1这两个家族，都会出现这种情况

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docker镜像搭载不上

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泛基因组分析中26Pan-genes.list这个文件在自己要分析的物种中怎么生成？没有相关方法介绍

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老师你好，我用全长序列进行比对构建进化树时，发现许多序列的长度长短不一，这样可以用吗？ 感谢老师答疑

  • 2025-04-03 10:41
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提供感兴趣基因进行分支分析时，出现Error in simple_vs_index(x, rlang::eval_tidy(args[[1]]), na_ok) : Unknown vertex selected报错

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泛基因筛选最长转录本时出现问题

  • Yang 2025-07-03 22:25
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老师，我手动生成了domain_final.bed，但是出现了以下情况，检查了相关文件都能打开，我是做成和share文件里domain_final.bed一样的txt格式，然后在FZ上加后缀bed改为bed格式，请问哪里有问题

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服务器putty上可以进行内存设定和线程设定吗？我按照基因家族环境分析环境搭建ppt上，对内存和线程进行设定，但是在putty上运行不了。

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泛基因家族分析

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请问win11家庭版上刚开始基于hyper-v安装了docker，后来调整docker设置变成基于WSL2安装docker，然后请问这样可行吗？怎么使用？

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老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

  • Oho 2025-03-27 10:25
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执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./命令时，打开01.data_prepare文件里面的内容显示如下图所示

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#保留蛋白编码基因

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泛基因家族分析数据准备

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tree_tax出错

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老师，这是我做提取可靠基因家族成员的结构域序列用到的文件和代码，不知道哪里除了问题导致domain_final.bed只有一个基因