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泛基因组核心基因和可变基因长度比较core_pan_gene_compare.r报错

  • Q_C 2024-12-02 18:46
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infercnv error in readrds(reload_info$expected_file_names[[i]]) : error reading from connection calls: <anonymous> -> readrds execution halted

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重测序遗传变异过滤

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SNP数据统计

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泛基因家族mkdir文件夹显示已存在，但目录里没有任何内容

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差异表达分析

  • lw 2024-08-19 15:55
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PASA_update时出错

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老师 就是Rhododendron_delavayi 和Rhododendron_irroratum这两种植物，我把它的fasta和gff3文件下载，然后做各物种的cds和pep文件提取，文件都能出来，但是就是出来的文件是空的，这个问题要怎么处理啊，麻烦老师帮我看一下，谢谢

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07.SV_and_gene_expression中删除一些不需要的基因的表达量后文件是空的

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老师，我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入，但是在将gvcf转换成vcf时，发现在Lc2Ns染色体就结束完成了，这是正常现象嘛，是我使用的近源种参考基因组的原因嘛？我的是简化基因组测序的

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怎么从全部的300份重测序数据的vcf.gz文件中抽出自己的想要的200份数据

  • Max 2024-12-19 17:16
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老师我已经用gemma找到了显著位点，现在想将两位点之间连锁不平衡程度r方大于0.35，且标记之间距离在300KB以内整合成一个qtl，应该用什么命令啊？

  • WHR 2024-08-15 12:30
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Doker打不开，显示内存不够，电脑还有100G内存: don't have enough memory

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SRA下载

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你好老师，我想请问一下，有没有代码可以计算群体的多态性信息含量PIC值，观察等位基因数A，有效等位基因数Ae啊，ddRAD测序做的分析有限，想增加点分析

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想咨询一下，宏基因组功能注释的视频中，有一步是用cds.fa文件注释物种，想咨询一下，这个物种注释出来后，应该如何计算丰度？是根据前面cds.count来计算吗，这样计算出的物种丰度可靠吗？因为有些物种可能基因很多。

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各位老师 您好 就是我知道啦组装基因组的gap还有端粒和着丝粒的位置和长度 我怎么将他们可视化在染色体上呀，就像下图一样。

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AWK整理泛基因集文件出现部分问题

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请问：要注释的fa文件同源注释的时候，所选的两个物种没有结果，注释迁移失败。应该如何注释

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重测序