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IBD 计算2

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老师 就是我做到基因流tremix哪里的时候 生成后面的文件是空的怎么解决呀，还有就是我做到dadi哪里的时候 有两个参数需不需要改一下呀 因为我做的是杜鹃，最后一个问题就是，我红色箭头指出哪里，出现的问题是模型是错误的 ，就一直没有什么文件生成

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想咨询一下，可否有contig的NR库的物种和功能注释代码和教程？

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gatk无法利用csi索引

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GWAS分析发现的问题如下：第一，过滤水稻vcf的RawData时（群体有176份），我选择的minGQ值为20（同时要移除InDel），结果得出过滤出来的SNPs数量不足1000，但是我查过一些资料，GQ值如果群体数量较少值不得小于20。请问遇到这种情况如何处理，可否将最小GQ按照课程的脚本设置为0呢。 第二，你们的GWAS课程提供的计算BLUP的脚本是否在不同物种之间通用 第三，做GWAS时，基因型填充对后续的分析有什么意义。 第四，你们GWAS课程有没有计算遗传力相关的脚本。

  • John 2025-03-12 15:37
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老师您好，使用beagle进行基因型填充的时候参考文件放在哪里呀，课堂上的实例是水稻的，但是我做的是人类的，需要修改哪里吗

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老师 就是 我在过滤数据的时候 下面截屏中利用vcfutils.pl进行过滤的时候 生成的文件还有7.2 Gb,但是用vcftools进行过滤后还剩764Mb的文件，这个是不是过滤掉的太多啦呀 麻烦您重新帮我设置一个过滤参数嘛 谢谢我重测序的个体才36个

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XP-EHH

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cnvpytor

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我用maxquant分析完后proteingroups文件中没有protein name和gene name，应该怎么解决呀

  • 2024-12-06 16:17
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代谢组富集分析时文档07.all_keggid.txt里是某个模式物种的全部代谢物还是公司检测出的所有代谢物？还有富集分析一般p值就可以吗

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xpclr绘图

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为什么搜索讲堂的镜像和blast镜像都失败了呢

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重测序

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并行运行

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CAZy注释阶段，hmmer的太慢占用cpu只有一直很少

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xpclr报错AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys'

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eggNOG 保留蛋白序列时提示同一 ID 被多个一级特征使用，而子特征的 Parent 属性没有得到相应更新，导致注释关系不明确的问题，该怎么解决

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sed -i 'ls/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt sed: -e 表达式 #1, 字符 2: 命令后含有多余的字符↵

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单细胞测序使用subset脚本提出子集，再进行拟时分析报错plot_genes_by_group