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存在缺失分析

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泛基因家族分析进化树构建

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老师我这里练习之前上课的内容想复制粘贴整个目录，以及创建新的文件夹都显示这个请问应该怎么办呢

  • Nier 2025-09-30 11:07
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老师您好，做比较基因组分析时，单拷贝同源基因的这个文件是空的Orthogroups_SingleCopyOrthologues，并且orthofinder文件夹也是空的，是什么原因造成的

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运行完Cellranger之后，没看见pbmc-stim里面有out文件夹，然后我再次运行的时候，报错了

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老师，我要分析几个品种的基因表达量数据，在公共数据库大部分只有叶片组织的播种24天及以后的数据，我都选取播种24天的数据进行转录组分析可以么，另外我想以其中一个品种作为参考基因组，我是不是需要把这个基因组的fasta文件和gff文件建立索引，然后再分析这几个基因组的rnaseq数据，包括参考基因组的ranseq

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泛基因家族分析-SV和表达量

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泛基因家族分析核心基因的确定

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蛋白3D结构预测

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基因组过大，能不能分割基因组做重复序列注释

  • 2025-09-10 13:29
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泛基因家族SV分析-VCF文件

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在用GEMMA软件进行GWAS分析的时候，需要加入Q矩阵，有一个疑问

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泛基因家族-热图

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老师，我做共线性分析时，出现了以下错误，什么也生成不出来

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我的关注的头足类和其他贝类的进化关系，涉及5个头足类物种4个其他贝类，基因集这里基本上都包括这五个头足类物种了，是说明头足类物种进化出或者在这些富集基因多的通路上和其他贝类不同了吗？

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组装后的cds.count文件里有小数是合理的吗

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让公司给构建好的图形泛基因组，只有vcf格式文件，要拿它作为参考去基于二代重测序的数据call snp,需要将vcf 文件转化成啥格式呢？转化后用什么软件去call snp 呢？

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重测序过滤

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老师，我做泛基因家族鉴定时，06.SV_analysis最后得到的All.final.sv.out基因结构变异信息只有一条，请问哪里可能有问题

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老师您好，在GWAS后分析添加基因与环境的交互项，使用什么方法比较好啊？