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02.3.ASTRAL

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泛基因家族做完PAV分析后，发现有的物种没有任何一个基因

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在全基因组选择育种课程中，所有需要预测的样本（在 pred_ID.csv 中列出的ID），必须已经存在于那个巨大的基因型文件 imputed_snp.raw 中，是否就意味着我只能预测现有群体的缺失部分？我需要预测新的群体，那这 pred_ID.csv文件该如何编写？

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重测序

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3 用mapchart作图时一直提示格式错误 怎么解决呀

  • EH 2026-04-02 03:18
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随着PCA数目的增多，GWAS峰值越来越高，显著位点越来越少

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基因家族大概四十个基因，GO富集分析只有CC组数据正常吗？阈值调到0.1也依旧只有CC组

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泛基因家族结构变异

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PSMC作图为一条直线

  • BJFU 2026-02-28 19:45
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我的初始vcf文件60GB,经过三次过滤最终clean.vcf文件只有1.1MB，改怎么修改过滤条件

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老师我排查问题发现ALLHiC_partition这一步只能生成一个txt文件

  • Nier 2026-03-19 16:15
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泛基因组基因家族_PAV分析，核心和可变基因富集分析问题

  • Oho 2025-12-25 09:56
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GWAS获得显著位点如何去设计分子标记？

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16S课程 02.feature_table这一节课中 dada2方法无法生成数据

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我的all.chr.hmp.txt.gz文件大小是4.6G再跑gapit的模型总报错

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老师您好，基因家族鉴定的时候，要求使用 GA 阈值重新运行 hmmsearch 分析保守结构域。请问这个GA阈值是什么啊，应该怎么操作呢

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使用ParaFly -c gvcf.sh -cpu 5这个命令时，刚执行时显示5条命令同时运行，后面就变成一条命令在执行，能告知一下原因吗

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我想问一下，根据这段代码，我每个样要跑10个小时左右，总共270份样，怎么优化这个代码，减少所需时间

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有没有GWAS做之前的表型数据一致性分析教程

  • WYS 2026-04-10 10:05
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各位老师好，请问我研究的是玉米泛基因家族，学习了泛基因的课程。这个家族搜索不到pf号，只有拟南芥鉴定出来的20条序列，我用这20条序列构建了一个hmmer文件，后面应该怎么和blast结合，以及应该怎么查看结构域，感谢解答~