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xpclr

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泛基因家族分析之基因家族成员选择压力分析

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共线性分析，最后一步出不来pdf。看不懂提示。

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blsatp，我想拿发表文献的基因ID的蛋白序列和我自己搜出来的序列（$species.gene.pep.fasta）比对。我先是把这两个序列放在一起。然后再建库比对。出现问题。怎么办？后来我在那个gene.pepe.fasta中选择几个序列和发表文献的序列放在一起建库比对就能行。原因是什么？我

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保留蛋白编码基因运行就这样，不能回到docker ，怎么解决？

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老师您好，在GWAS后分析添加基因与环境的交互项，使用什么方法比较好啊？

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组装后的cds.count文件里有小数是合理的吗

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泛基因家族分析-SV和基因表达量

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老师，这个筛选步骤每个基因组只有一个基因，后面提取可靠基因家族成员的蛋白全长序列正常，提取可靠基因家族成员的结构域序列这一步也是只有一个，是我前面的步骤出错了么，筛选前还一切正常，

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老师我200个样本的重测序测完以后，构建进化树时进化树的分群信息和我样本的来源信息不同，该怎么解决呀

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老师，我做共线性分析时，出现了以下错误，什么也生成不出来

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老师您好，我运行MCMCtree的时候，为什么程序就不运行

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借助转录组辅助基因组注释

  • _He. 2025-10-19 23:21
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Error correction and assembling warnings: * 0:12:28.935 6768M / 13G WARN General (kmer_coverage_model.cpp : 327) Valley value was estimated improperly, reset to 16

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泛基因组运行cat ../id.txt|while read ind;do agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3 -o ./${ind}.longest_isoform.gff3命令时提醒以下情况，请问具体该怎么解决

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泛基因家族分析-SV和表达量

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老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

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STRING数据库映射出来的拟南芥基因号不是AT开头的

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smooth.value

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我改正了这些错误，但是还是无法把data里的数据软连接道01 data prepare上，不知道哪里出错了，基因文件和gff文件没有问题