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泛基因家族分析数据准备里面，运行命令保留最长转录本结果都会报错，说是找不到文件，但文件存在在data目录下， ./.gff3.gz does not exist，Please verify the input file name/path

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老师想问一下，为什么我在myt2t文件下面创建，但是最后跑去了家目录下面呢，试了好几次了，而且我echo $workdir了确实也是指向的是myt2t这个文件

  • Nier 2025-09-15 12:06
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无法登录PuTTY

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单细胞测序cellranger分析

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请问我在做GWAS性状绘图时出现以下报错，我的数据格式该怎样修改，该如何解决？

  • Max 2025-09-15 11:20
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泛基因家族分析的数据准备的里面有一个加载全局变量env.sh,请问这个有什么作用？里面改没改这个Ref=B73为自己的物种有什么区别呢，修改了要不要加这个基因组的具体路径？

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在用GEMMA软件进行GWAS分析的时候，需要加入Q矩阵，有一个疑问

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请问各位老师有没有像用脚本buildSummary.pl统计out文件一样的可以用于统计gff格式重复序列注释文件的脚本？

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你好老师为什么这里无法启动镜像

  • Nier 2025-12-27 18:23
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建立索引时出现报错，但依旧出现了一些文件，想问问报错原因怎么处理

  • xxx 2026-01-07 15:24
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你好，我在做小麦GWAS分析时，按照脚本过滤生成clean.vcf.gz文件，文件变得非常小怎么回事，修改过滤参数还是一样，到进化树分析时显示文件为空，有人能解答吗

  • Max 2025-07-15 11:10
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10 您好，请问SNPT软件失效了

  • cc 2025-12-31 16:09
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练习数据上传

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EMMAX进行GWAS分析时候出现问题

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在基因组注释部分有一条命令RepeatMaskerLib=/share/work/biosoft/RepeatMasker/RepeatMasker/Libraries/RepeatMaskerLib.h5用来指定RepeatMaskerLib所在位置，那这里如果是要在自己的电脑上跑的话这里路径变量应该在哪呢

  • Nier 2025-12-25 12:20
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组学大讲堂的一个T2T组装培训课，在进行组装前先除去了和细胞器DNA高度相关的reads。但是我看现在大部分的文章没有特别处理细胞器的DNA，是在组装的过程中已经被除掉了吗？

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docker 安装

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老师请问一下我在做hic挂载练习的时候运行到使用bwa的aln和sampe进行比对，这里问什么不运用mem这个功能进行比对呢

  • Nier 2025-10-17 16:36
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老师，我想把镜像复制到自己服务器上使用，使用的是singularity run reseq.sif，为何进入容器以后软件都用不了呢，是哪里出了问题？

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泛基因家族分析PAV_gene.list中基因数量，少于gene.pep.fa中序列的数目