omicsgene
python版本xpclr报错
报错内容： ImportError: cannot import name 'romberg' from 'scipy.integrate' 可以看一下，基本上是这个脚本的第六行存在调用： ~/biosoft/conda/miniconda3/lib/python3.12/site-package...
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- Ti Amo
- 发布于 6天前
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Ti Amo
单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE123902)
单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE123902)
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- omicsgene
- 发布于 2026-01-13 14:21
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE131907)
单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE131907)
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- omicsgene
- 发布于 2026-01-13 14:05
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gsea-msigdb 数据下载
进行gsea分析的时候需要gmt文件，需要到官网进行下载。官网需要注册一下才可以进行下载。 官网网址：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp 直接进入http://www.gsea-msigdb.org/gsea/d...
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- Ti Amo
- 发布于 2026-01-09 15:33
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PfamScan运行报错：FATAL: error running translate (usage: translate [-h] [-d DEST] [-s SRC] [-c] text
报错原因： PfamScan运行的时候会调用hmmer的translate，而在我环境中默认是python下面的translate 解决办法： export PATH=/biosoft/hmmer/squid/:$PATH
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- Ti Amo
- 发布于 2026-01-08 13:25
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孟德尔随机化(MR)
前面的文章中我们给大家介绍过eQTL和sQTL的概念, 大体总结一下，eQTL是指基因组上的一些突变可以改变相关基因的表达，sQTL是指这些突变同时也会导致可变剪接的差异,实际上这两个都是归于一个叫...
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- xun
- 发布于 2026-01-05 17:41
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xun
宏基因组的基因组binning-BASALT 介绍和用法
宏基因组的基因组binning（分箱，即将测序数据中的reads或contigs分类到不同的基因组中）是一个关键步骤, 常用的软件是2018发表的metawrap,但是他一直没有更新, 这篇文章将介绍一个较新的binnin...
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- xun
- 发布于 2026-01-05 17:33
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LeafCutter可变剪切注释
目前主流的探究转录组数据的可变剪切的算法是基于estimate isoform ratios 或者 exon inclusion levels ,但是可变剪切本跟正常转录本重合的比例很大，存在技术误差也，且他依赖于基因现有的注释...
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- xun
- 发布于 2026-01-05 17:27
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安生水
IF=4.8|对4种天南星科植物基因组进行WRKY基因家族分析，并分析其在魔芋中的表达
“ 2025年12月 Frontiers in plant science杂志发表了一篇题为“Genome-wide characterization of WRKY family genes in four araceae species and their expression analysis in Amorphophallu...
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- rzx
- 发布于 2026-01-05 16:58
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rzx
选择清除分析之XP-EHH
在群体遗传学中，选择清除、连锁不平衡和单倍型是三个紧密关联的核心概念，它们共同帮助我们理解自然选择如何在基因组上留下印记。今天先来说说选择清除分析。 一、 核心概念解析 选择清除：...
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- Ti Amo
- 发布于 2026-01-04 09:54
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STAR构建基因组索引报错
报错提示： Fatal LIMIT error: the number of junctions to be inserted on the fly =1412348 is larger than the limitSjdbInsertNsj=1000000Fatal LIMIT error: the number of junctions to...
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- rzx
- 发布于 2025-12-30 09:22
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bam文件出现负坐标
不管是重测序或者是有参转录组，很重要的一环就是将测序数据比对到参考基因组上。一般来说，常用比对软件都可以正常运行结束，但是当碰到超大基因组的时候难免会碰到一些问题，这些问题有的时候...
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- Ti Amo
- 发布于 2025-12-18 15:27
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