1天前 回答问题

报的是文件路径错误，检查这个文件是不是在当前文件夹：

1天前 回答问题

检查 建库的基因组文件这个位置 是不是一个 不是ATCG的碱基；

1天前 回答问题

有些样本的缺失率太高了，检查样本的缺失率： 基本用法 bashvcftools --vcf input.vcf --missing-indv --out sample_missing 这会生成 sample_missing.imiss，格式如下： textINDV N_DATA N_GENOTYPES_FILTERED N_MISS F_MISS sample1 100000 0 500 0.005 sample2

5天前 发表了文章

2026-11-05 15:09 回答问题

红框框里面的bash命令是顺序执行，一次执行一条，结束了执行下一条，如果需要并行可以使用下面的命令,表示每次并行运行4个任务： ParaFly -CPU 4 -c 3.1.2.gvcf.sh call SNP 费时间速度慢正常的，还和你的计算机性能有关，耐心等待

2026-11-02 09:54 回答问题

1.物种太多，单拷贝同源基因自然变少，建议减少物种数量 2.物种里面有没有同源多倍体，如果有同源多倍体需要拆分染色体组，不然没有单拷贝同源基因

2026-11-02 09:45 回答问题

这个参数过滤比较严格，你可以删除了重新过滤试试：--minGO 80 你的平均测序深度如果很低，要降低 --minDP  ， 还有降低 --max-missing

2026-11-02 09:41 回答问题

对的 scaffold 也要放进去，有些scaffold上也有基因值得关注； 根据自己的需要可以不放scaffold

2026-10-29 16:17 回答问题

只是少量的，可能是重复序列区域的，可以用于后续分析

2026-10-29 10:41 回答问题

是什么系统下的docker？ 这个是编译错误，可能需要换个电脑试试：https://www.omicsclass.com/article/1891