对gff文件进行处理，保留注释信息中能编码蛋白的基因。得到的结果文件‘.protein_coding.gff3’是空的，应该怎么办。所有品系都出现了这个问题。

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对gff文件进行处理，保留注释信息中能编码蛋白的基因，上面的步骤没有发现问题。

得到的结果文件‘.protein_coding.gff3’是空的（上图和下图），是什么原因？应该怎么办？22个品系都出现了这个问题。

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2 个回答

rzx 4小时前

检查一下gff文件的格式是否标准，是不是9列。截图是格式有问题

liping 3小时前

上传到服务器中共22个品系，

（一）21个品系是gff压缩文件‘WNZ.gff.gz’，是从茶树泛基因组发表的文章链接中下载，其中WNZ的gff文件格式见下图

（二）另一个品系是压缩文件‘SCZ.gff3.gz’，是从茶树基因组网站下载，格式见下图