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根据组装后基因做的物种注释，还需要做稀疏曲线吗

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eggnog_file_process.r好像就是将同一功能下不同基因直接相加

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使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释到多个正常吗？另外我还想问一下进行lda分析时，未注释到的功能或者基因应该删除吗

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组装后的cds.count文件里有小数是合理的吗

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进行GTDB注释时报错，报错信息为缺少参考基因组

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对宏基因组数据进行αβ多样性分析时，进行抽平处理是不是会更好，然后进行微生物组成功能的差异分析时，需要做抽平处理后再求相对丰度吗

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课程里使用bracken对kraken结果进行修饰我发现全部都注释到种水平了这个是bracken算法的设置原因吗？

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10 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

  • Zz1 2025-05-27 11:03
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对宏基因组的分类和功能数据去除低丰度数据时，论文中经常采用0.1%,0.01%或者不说明，我可以采用其他取值不在文中说明吗

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基因注释后进行β多样性分析时报错

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宏基因组数据预处理问题

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lefse分析细节

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宏基因组得到的物种相对丰度表进行kw差异分析或者Lefse分析时，对数据提前进行对数处理合理吗

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老师您好，我在运行alpha diversity calculation 这段代码时出现报错信息，没有alpha_diversity.py这个文件，校验了下提供的代码确实没有，售后老师说可能是软件自带的，请问这种情况改如何解决？alpha_diversity.py，beta_diversity_through_plots.py，make_2d_plots.py，nmds.py，upgma_cluster.py这些都没有

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老师您好，我在运行collapse_samples.py这段代码用于物种注释时出错，出错信息为 qiime.parse.QiimeParseError: No header line was found in mapping file.请问该如何解决？

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在docker中用cleandata与宿主序列比对得到sam文件这一步出现错误，

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lefse分析细节

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想咨询一下老师，这个图大概是咋做出来的，应该用到什么样格式的数据，在网上没搜到教程，主要是需要什么数据，谢谢老师

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老师这个示例文件夹里没有东西，我cd到01.prepare_data文件夹下里面时候空的

  • Oho 2025-03-09 11:43
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老师 请问这个运行时需要很久吗，上面显示的需要7天

  • Oho 2025-03-08 15:13