各位老师好,请问我研究的是玉米泛基因家族,学习了泛基因的课程。这个家族搜索不到pf号,只有拟南芥鉴定出来的20条序列,我用这20条序列构建了一个hmmer文件,后面应该怎么和blast结合,以及应该怎么查看结构域,感谢解答~

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2 个回答

rzx

不是所有的基因家族都存在非常保守的结构域和由结构域构建的HMM模型。这种情况可以不选择hmmer鉴定,只选择blast鉴定的方法。具体可以借鉴该基因家族已发表的相关文献

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1841854933@qq.com

我研究的家族是激酶家族,只用blast成员太多了,无法剔除,该基因家族发表的文献都看过了,并没有特别细致的解决方法

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