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GWAS分析的表型数据不符合正态分布，但是极值材料表型是真实存在的，所以是保留原始数据还是用IRNT转换表型值或者剔除不符合正态分布的值呢

  • 2025-07-11 23:22
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我用gemma做小麦的gwas分析，到最后一步生成曼哈顿图时出错，是因为参考基因组的染色体编号与基因型数据对应不上吗，应该怎么老师解答

  • 2025-07-10 03:28
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老师，我做gwas分析过程中出现这种问题，该如何解决呢？

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LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region scaffoldC01:46993000-46994000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt这条代码如何修改能使中间的字体大一点

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tassel导入表型数据和Q文件，一直报错格式有误

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GWAS分析绘制QQ图时，Observed值与Expected值相差较大

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请问这样的QQ图说明GWAS结果是否合适的呢？

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全基因组关联分析GWAS教程中的beagle填充问题

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老师，用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后，出现了报错,分别截图了基因型文件，表型文件和报错信息，请老师解答。文件是用的tsv格式，只是用excel打开了，命令就是将脚本提供的命令中的文件改成了自己的文件

  • zjc 2025-04-09 10:53
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老师您好，针对这个问题https://www.omicsclass.com/question/7725。你们提到：你这个数据里面是不是P值有0的情况，取了对数就无穷大了，导致出问题。但是，我发现里面没有P值为0的情况，那是不是脚本gwas_manhattan_plot.r有问题呢？需要修改gwas_manhattan_plot.r脚本的什么地方才可以解决顶部只能画半圆的问题呢？还有，我发现P-Value的原始文件有NaN的情况，是什么原因呢？是否对GWAS有影响呢？

  • John 2025-03-18 15:15
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老师，二代测序数据可以GWAS分析嘛？植物上做GWAS的话测序深度5X可以嘛？

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3 GWAS 曼哈顿 Manhattan 图像问题

  • John 2025-03-11 11:30
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3 GWAS分析程序问题

  • John 2025-03-11 09:17
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老师，我有两个分级性状，需要进行BLUP嘛

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请问老师单倍型分析结果中，我怎样确定block区间，如下图。请老师解答哪些标记划分为block1，哪些标记划为block2

  • 2025-02-23 21:38
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通过GWAS分析找到显著snp后，对这个snp进行单倍型分析，把群体分为了3种单倍型，结合表型做了显著性分析，发现3种单倍型的表型不存在显著差异，这样的结果说明这个snp是阴性结果吗？

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请问单倍型分析时遇到这个问题该怎么处理

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请问单倍型分析一直显示错误怎么办

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请问单倍型分析时遇到这个报错应该怎么解决

  • 2025-01-15 13:57
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老师您好，单倍型分析的图是这样的，我关注的是蓝色框起来的标记，这个snp处于一个高度连锁的区域吗，属于左边的block还是右边的block呢