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老师，进行结构变异分析时得到了tsv数据，请问需要转变为vcf文件吗？如果需要的话如何转变呢？

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后台运行

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为啥这个. doc.sh后，显示不是内部或外部命令，也不是可运行的程序

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老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

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docker连接不上

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宏基因组数据预处理问题

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从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析出

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fastsimcoal

  • lint 2025-03-21 10:37
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老师，构建泛基因列表使用的vcf文件，是下面图中的sv数据吗，下面表格包括了CHROM，POS，REF，ALT，TYPE，MAF,MIS，ANN，将这些数据整理成vcf吗？

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omicsclass/pan-gene-family 为啥这个我在docker hub上没有找到呀

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iqtree模型选择问题

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我输入docker run那条指令后，出现了以下报错，输入docker search omicsclass也出现报错。

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在容器中设置工作路径始终显示找不到内容，调整好多次了，还是不行

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在基因家族分析中的顺势作用元件分析中有几个差不多的元件是不是一个元件

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老师，我有20个不同菌株的基因序列（fasta文件），请问怎么进行基因组学分析？

  • 2025-02-23 13:46
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windows10安装docker后，输入命令，报错，请问如何解决？

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老师，我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建，构树过程中，出现以下的过程及警告，请老师帮忙看看是否正常，这些重新序列的编号是否有影响（序列对其修剪后有重复名称已去除），以及我下面的系统发育树这么多是否正常，还是需要筛掉一些？

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ggtree.r进化树问题

  • BJFU 2024-12-30 08:43
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vcf文件如何合并

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Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r -i pvalue_$m.txt -F $FAI -T Sugar_$m -n Sugar_${m}_manhattan -c 1.3e-6绘制曼哈顿图时，输入这段代码后，报错，显示颜色数量不足，怎么解决