5天前 回答问题

3D DNA手动切割一下，要么就打碎重新跑一下。ALLHIC有自己的打碎重跑流程。

2025-07-23 18:13 回答问题

最开始的错误是这个Unable to open file draft.asm.fasta.near_.500.bed，这一步是否执行：export PATH=$PATH:/share/work/biosoft/bedtools/如果执行了，看一下bedtools能不能使用：bedtools -h，如果不能说明你的bedtools不在环境变量里

2025-07-22 15:04 回答问题

GGE双标图分析+传统的方差分析和多重比较，PLINK支持交互项分析。

2025-07-22 14:58 回答问题

1. 确认你的“for i in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7;do”这边修改成了你vcf里面的序列ID 2. 需要check你的vcf文件里面样本名称在wild_popid.txt和cultivated_popid.txt 都是存在的。 3. --size $window  --step $step --maxsnps 200 --minsnps 5看下你划分的窗口里面snp数目在5-200这个范畴吗

2025-07-17 10:27 回答问题

可能是文件权限的问题，Docker 容器内的用户权限与宿主机不一致，导致无法修改或重命名文件。在docker run的命令里面加--group-add keep-groups看看有没有什么变化。

2025-07-17 09:22 回答问题

在容器里运行其他命令的时候没有出现这个问题吗？ 这个提示的是容器检查点（checkpoint）功能的配置，默认配置下，检查点操作每 60 秒执行一次。如果容器写入频繁、磁盘 I/O 压力大、 60 s不足以完成检查点操作就会导致操作中断。 这个需要改/etc/docker/daemon.json的内容，还要重启容器。使用Docker Checkpoint功能提升容器化应用性能与容错能力的开源项目实践 - 云原生实践

2025-07-14 15:55 回答问题

1. 需要确认你的测序数据是ccs，并且对应使用的是minimap2的 -ax map-hifi； 2. 需要确认minimap2比对结束，并且不存在报错 （这个需要着重确认，没有看到你的图片，但是通常是比对未完成才会出现混乱）； 3. 如果确实比对完成了，但是头部缺失，可以尝试samtools view -bT contig.fa aln.sam > aln.unsorted.bam添加头部。

2025-07-08 16:41 回答问题

详细需要nextpolish.e。报错为raise Exception(record.msg)，初步判断 1.fa或者fq格式建议检查；2. 内存不足，配置文件中降低线程数。

2025-07-07 17:09 发表了文章

2025-07-07 09:14 回答问题

看看有没有结果？这个是警告信息，不是报错。一般可能是因为节点标签或注释数据包含非数值，或者是支长度或其他数值映射包含问题。