1天前 回答问题

可以手动编辑新文件，将${svgene}_gene.list手动设置2列，再运行cat ${svgene}_gene.list|while read -r gene sp; do grep "$gene" ../01.data_prepare/$sp.longest_isoform.gff3 >> ${svgene}.gff3;done

1天前 回答问题

默认情况下 grep 匹配的是包含子串 "WRKY14" 的内容，所以会同时匹配上WRKY140~WRKY149。可以修改命令grep "\b${svgene}\b" Fam_gene.list|sed "s/${svgene}\t//g"> ${svgene}_gene.list（添加单词边界 \b 限制匹配范围）

1天前 回答问题

检查一下原始泛基因组结构变异结果vcf文件all_merge.vcf，里面第5列ALT跟示例数据有区别。这列如果不能明确指出变异类型的话，可以根据截图中的变异位置去all_merge.vcf中找到具体变异类型

1天前 回答问题

检查一下每一个输入文件中是否有重复行。可以截图发一下

2025-09-29 13:42 回答问题

1. 检查输入文件；2 不需要的基因是指，一些基因在其他品系中不存在共线性的同源基因，例如私有基因，但是表达量文件中基因在这个品系中有表达量。这种表达量结果需要变为0

2025-09-29 13:26 回答问题

这个图用AI软件手动去画就行。具体变异类型可以根据基因ID去vcf里面查找，具体变异区域长度就是vcf中SVLEN参数

2025-09-28 16:17 回答问题

是根据with_SV和without_SV的平均值绘制的

2025-09-28 14:06 回答问题

这种情况可以都保留下来，继续分析

2025-09-28 13:43 回答问题

如果这3个基因是同一个品系的话是正常的。在泛基因列表文件中，这个品系中3个基因同时比对到一个泛基因ID上，这种情况可以只选择一个结果

2025-09-28 13:41 回答问题

正常，有的家族基因可能在部分品系中不存在