21小时前 回答问题

检查的命令可以截图发过来

23小时前 回答问题

想画成什么样，主要是看PAV_draw.list 输入文件。如果你认为家族成员在参考品系中缺失占比大，可以去检查一下泛基因集是否有问题

3天前 回答问题

在准备存在缺失热图的输入文件时，将生成PAV_draw.list文件的步骤中-unigenel ALL.genefam.uniq.list文件改为空文件即可。 如果是绘制系统发育树过程中，可以将刚才新得到的PAV_gene.list生成新Fam_gene.list，再接着分析就行

4天前 回答问题

是的，不同品系间的基因表达量分析，最好选取同一处理下相同组织的样本。2. 如果想用一个品种作物参考基因组去定性定量其它品种的rnaseq数据，要先确认品种间亲缘关系近，参考基因注释好，如果其它品种的reads比对到参考基因组上的map比对率过低的话，就要慎重考虑最终定量结果可靠性

2025-08-28 10:46 回答问题

物种不同品系间结构变异数量不多是正常的，有变异结果就可以接着往下做

2025-08-27 15:33 回答问题

可用内存挺多的，但HISAT2比对过程对内存需求较高，也跟物种索引文件大小有关。可以在运行任务时通过top命令实时监控"%MEM"（进程内存占用占系统总内存的百分比）。

2025-08-17 20:19 回答问题

看基因组挺大的，放后台过几十分钟再看看。

2025-08-12 10:03 回答问题

1.确认输入all_merge.vcf文件是否是结构变异文件2. 与demo示例数据为参考，确认中间文件格式正确，注意文件格式问题，https://www.omicsclass.com/question/8061/answer/73563. 手动确认泛基因的变异信息，如果同物种的话，变异信息少。也可能结果就一条

2025-08-06 09:19 回答问题

可以 手动修改kaks_greater_than_1_gene_rate.txt，将想删除的成员删除

2025-08-06 09:14 回答问题

根据核心基因的定义确定