1天前 回答问题

一步一步结果检查：先看${ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt 文件内容是否正确

2天前 回答问题

不太清楚你说有错误的文件是做哪步分析得到的结果文件有错误。你是基因家族成员鉴定之后提取domain序列的时候出现问题的吗？是运行那行代码有问题的？可以把运行的代码和代码用到的文件截图出来。

3天前 回答问题

psi-blast有的蛋白序列没有结果可以修改参数重新运行，或者用swiss-model找模板预测结构。 有时候网络问题运行py脚本得不到模板文件，可以直接去pdb数据库下载对应模板

4天前 回答问题

课程里面有如何安装Cytoscape插件的内容。找到cytoscape的“App Store” 搜索“ yFiles Layout Algorithms”。点击插件链接进入网页“install”即可

5天前 回答问题

保存的时候保存成svg格式的，在AI里面打开手动拖拽标识

2025-06-05 17:35 回答问题

正常，如果染色体ID有遮挡可以手动调整。

2025-06-05 16:53 回答问题

如果有基因对信息的话，最好还是绘制出来。 关于scaffold序列长度信息，通过代码“ ## 获得染色体长度 seqkit fx2tab --length --name   ../01.data_prepare/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz|awk '{print $1,$NF}' >genome.len ” 是可以得到的，如果scaffold序列是在Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel

2025-06-03 16:10 回答问题

这个基因没有在染色体上的位置信息，只有在scaffold上有位置信息。如果想展示这个基因的话，只能将该scaffold也跟染色体一样去准备长度信息。在结果图中，将scaffold及在scaffold上的基因信息绘制出来。

2025-06-03 11:43 回答问题

正确的测序应该是有比对结果的。先根据流程看上一步生成的结果有没有问题，运行脚本时看有没有报错日志。看看map结果中每个样本的比对率（*summary文件）是否正常，正常结果中有90%以上的reads会比对到基因上

2025-06-03 10:14 发表了文章