1天前 回答问题

这个是鉴定数目，如果觉得有问题的话可以检查一下当时的鉴定过程是否有问题

1天前 回答问题

这个不影响后续分析。理解了命名方式，后续分析别弄混就行

1天前 回答问题

可以把具体分析脚本及报错信息截图发一下，是提示chr1有问题？

1天前 回答问题

第一个问题：项目结果文件有个readme文件，里面有每个文件的说明：表格pangene_list.tsv每一行是一个基因，及其对应不同基因组的基因ID，每一列是一个基因组。第二个问题：后续用来做泛基因家族分析需要用到的文件是*.gene.pair，该文件仅保留了有共线性关系的最佳匹配基因对。需要整理成后续脚本需要的格式。shell中的26Pan-genes.list文件是从文献中下载的，也是需要整理成后续脚本需要的格式。

1天前 回答问题

只能增加磁盘配额。如果是用着我们服务器的话，可以联系助教老师

4天前 回答问题

绘制完整的保守motif图可以参考笔记：https://www.omicsclass.com/article/67。将motif分析得到的xml格式文件上传到绘图软件得到结果。构建泛基因集列表时，需要用到参考基因组，具体步骤参考示例代码进行。具体核心基因少的问题，可以检查一下之前分析

4天前 回答问题

示例结果图只是举例，如果进行颜色美化一般所有枝都会上颜色。具体进化树亚类划分，要看进化树最后分支情况，也可以参考该基因家族的相关文献中亚类和亚类功能作为参考。单纯颜色美化的话，可以将图中没有颜色，比较散的几个分支划分到同一个颜色中，例如下图中蓝色部分G6

6天前 回答问题

一般情况不需要去冗余，具体分析的基因家族可以查阅相关文献，看有没有特殊的鉴定和筛选条件

2025-07-21 09:37 回答问题

基因家族镜像里面安装了agat_sp_extract_sequences.pl 工具。使用命令行“agat_sp_extract_sequences.pl --gff Arabidopsis_thaliana.longest_isoform.gff3 --fasta Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa --output genes_with_utr.fa -t exon --merge” 可以提取所有转录本的外显子序列（cds+utr） 然后根据基因家族

2025-07-18 09:19 回答问题

基因家族成员就是根据序列比对找相似度高的