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53分钟前 回答问题
无论是下载下来的该物种的全部代谢物，还是公司检出的，只要是识别到有ko号的，都可以放进来。 还有最终会生成富集分析结果表07.KEGG_enrichment_result.csv，里面有P值、矫正后的q值。一般P值就可以，如果想在绘图中展示q阈值结果，可以简单修改一下脚本。
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2025-04-17 15:02 回答问题
报错说 gff3_file_to_proteins.pl 脚本第84行的报错提示。根据Error, no sequence for Chr1的报错，可能是 $genome 变量下的Chr1染色体有问题，仔细检查一下
2025-04-17 13:54 回答问题
seqkit grep 命令是 根据-f 选项文件中的 ID 提取序列。ID不一致不会提取出来，ID必须一致。
2025-04-15 21:42 回答问题
log转换是对同一代谢物在不同样本下是丰度进行处理
2025-04-15 21:40 回答问题
这个，去数据库网站尝试一下下载。https://www.omicsclass.com/article/525
2025-04-13 19:15 回答问题
同一个基因家族的成员之间构建蛋白全长进化树一般都会成功的。不过结构域进化树更能表达出基因之间的相似度
2025-04-10 17:40 回答问题
基因家族结构域比对上长度太短，是残基，一般选择不要
2025-04-07 09:38 回答问题
如果不想对P值进行方法矫正的话，可以在运行脚本04.DEManalysis.R时， -a选项选择 none参数。这样-q选项是对pvalue值进行筛选