jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化

如何使用jcvi通过调整相关文件参数展示局部共线性情况

使用jcvi进行局部区域(感兴趣基因)共线性绘图需要准备三个文件:

  1. 记录各物种基因位置信息的bed文件
  2. 包含感兴趣基因同源区块信息的block文件
  3. 包含绘图参数的layout.csv文件

bed文件格式:(各列对应信息如下)

attachments-2023-08-FB3GNVJT64db48c4bcd0e.png

block文件格式:每一列为各物种的同源基因ID(最佳匹配,通过compara 参数--iter=1指定),点表示该同源基因在物种中没有被注释到,可以通过该文件指定感兴趣基因的线条颜色,如图中红圈所示

attachments-2023-08-6Jh9g4Ey64db4b0cca49a.png

layout.csv文件格式:上半部分指定了track的各种信息,edges中制定了绘制的物种共线性关系,如图中e,0,2指定了绘制block文件中第一列和第三列物种的共线性关系

attachments-2023-08-Q6G0fiLn64db508f71b2c.png

运行代码:

python -m jcvi.graphics.synteny blocks bed layout.csv

效果图如下:

attachments-2023-08-15SYFin764db4c94be064.png

参考:

https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/127425032
  • 发表于 2023-08-15 18:06
  • 阅读 ( 1282 )
  • 分类:基因组学

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