根据GFF文件提取基因组中基因的蛋白,CDS,CDNA序列

https://github.com/TransDecoder/TransDecoder

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  • 发布于 2022-12-28 11:52
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repeatMasker 得到的out文件转换成gff文件,可以用bedtools对基因组进行重复区屏蔽

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  • 发布于 2022-12-07 10:13
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真菌 ncRNA 基因特征及坚定方法

Haas BJ, Zeng Q, Pearson MD, Cuomo CA, Wortman JR. Approaches to Fungal Genome Annotation. Mycology. 2011 Oct 3;2(3):118-141. doi: 10.1080/21501203.2011.606851. PMID: 22059117; PMCID: PMC3207268.

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  • 发布于 2022-11-30 14:07
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contig or scaffold GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

contig GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

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  • 发布于 2022-11-17 21:14
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组装好的基因组通过agp文件得到contig序列

https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/391

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  • 发布于 2022-11-17 20:33
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Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)

Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)

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  • 发布于 2022-11-10 10:46
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Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

多样本转录组

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  • 发布于 2022-11-02 17:31
  • 阅读 ( 223 )

基因组注释分析方法

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  • 发布于 2022-11-02 10:42
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基因组重复序列分类 转座子

基因组重复序列分类

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  • 发布于 2022-09-06 10:27
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蛋白质的理化性质除了用Expasy网站还能用TBtools等分析

基因家族,理化性质分析

基因组版本 Primary 和 Alternate的区别

Alternate

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  • 发布于 2022-08-18 18:37
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基因组Hic挂载AGP文件格式说明

基因组Hic挂载AGP文件格式说明

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  • 发布于 2022-07-20 17:20
  • 阅读 ( 443 )

tripal搭建基因组数据库网站

tripal搭建基因组数据库网站

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  • 发布于 2021-12-03 14:05
  • 阅读 ( 958 )

植物 SSR引物数据库 NAR 发核酸研究

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5210622/

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  • 发布于 2021-09-15 15:21
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必须收藏!比较基因组学分析必备神器-OrthoVenn2

全基因组直系同源基因簇(Orthologousclusters)的分析是比较基因组学研究中的一项重要内容,直系同源基因簇之间的聚类及网络构建有助于解释跨多物种的蛋白质的功能和进化关系,今天小编给大家...

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  • 红橙子
  • 发布于 2020-12-05 21:12
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基因编辑iPSCS敲除技术原理与潜在的治疗应用

血友病A是由F8基因突变引起的X连锁遗传病,该基因编码凝血因子VIII。在所有严重的血友病A病例中,几乎有一半的病例是由两个总的(140 kbp或600 kbp)染色体倒置导致的,分别涉及

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哥本哈根大学牵头,44加机构联合破解巨型海怪基因组!但是看完文章我很失望!

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  • 发布于 2020-03-20 17:06
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如何利用NCBI提取特定位置的基因组序列?

小编经常遇到这样的一些个性化分析,例如,下载某物种某染色体XXXX-XXXX碱基区域内的全部基因信息,尤其是BSA、QTL定位、GWAS等项目客户,该类需求是很多的;之前给大家分享过一个利用Ensembl数...

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  • 红橙子
  • 发布于 2020-03-17 14:20
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2020年-基因家族分析文章怎么发!

2020年基因家族文章何去何从?还好发么?