GATK|Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx.
解决办法：https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤，就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除，一般情况下这个文件是空的。 然后再在命令行中添加-disable_auto_in...
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- rzx
- 发布于 2023-12-15 10:23
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rzx
omicsgene
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在这个科研内卷的年代，你没有好设备，没有好材料，没有充足经费，怎么立足？毕业、就业、发文、评职称，靠什么来实现？留给你破局的选择不多！！为此，我们组学大讲堂决定干一票大的！我们将永...
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- 生信老顽童
- 发布于 2023-12-14 11:31
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生信老顽童
SURVIVOR合并单样品SV出错
在做SV、CNV变异检测时，会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起，命令如下： ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...
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- 安生水
- 发布于 2023-12-13 13:51
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安生水
一行代码检查GWAS分析中表型数据的错误
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- 星莓
- 发布于 2023-12-13 10:56
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星莓
trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数
在生信分析时，经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中，一些不保守的列，我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析，比如构建进化树，进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...
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- rzx
- 发布于 2023-12-13 10:51
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InterProScan-蛋白质预测
InterProScan是InterPro数据库提供给用户的一个软件包，通过集成数据库鉴定蛋白质功能、所属的家族及其包含的结构域和位点
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-12-12 16:15
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每天学习一点点
MarkDuplicates 过程中报错：Value was put into PairInfoMap more than once
RNA-seq分析进行SNP calling之前会对bam文件进行一系列处理，包括排序、去重、将落在外显子上的reads分离出来，取出N错误碱基，在去重（MarkDup）过程中出现报错： 是由于fq文件中出现了两次...
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- Ti Amo
- 发布于 2023-12-08 14:33
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Ti Amo
好用的perl模块推荐
Path::Tiny 是一个专注于简洁性和便利性的 Perl 模块，用于处理文件和目录操作。以下是 Path::Tiny 的一些主要功能 1，目录相关 在perl 里很多人会使用 mkdir path unless(-d path); 来创建...
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- xun
- 发布于 2023-12-07 16:16
- 阅读 ( 1114 )
xun
微生物多样性扩增子（16S/18S/ITS）课程更新v2.0
微生物多样性扩增子（16S/18S/ITS）课程更新v2.0
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- omicsgene
- 发布于 2023-12-05 13:25
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Python模块导入的 路径索引
在使用python的时候经常需要调用库及module，有的时候分明已经import了，在运行的时候却收到 ModuleNotFoundError的报错。那么Python到底是从哪里、以什么样的顺序调用的呢？ 在Python中有内建...
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- Ti Amo
- 发布于 2023-12-05 10:17
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vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式
gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index
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- 星莓
- 发布于 2023-12-05 10:01
- 阅读 ( 3617 )
quota 显示的space 与du显示的不一致，导致文件上传失败
quota 显示的space 与du显示的不一致，导致文件上传失败
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- omicsgene
- 发布于 2023-11-30 15:06
- 阅读 ( 1345 )
叶绿体或线粒体基因组重复序列分类及鉴定
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- 星莓
- 发布于 2023-11-29 11:45
- 阅读 ( 5576 )
叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF
TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便，同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html
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- 星莓
- 发布于 2023-11-29 10:51
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