Clustal Omega多序列比对使用方法（命令行及在线网站）
多序列比对在保守区域鉴定，系统发育分析，motif识别等多个领域发挥重要作用，是生物信息数据分析必备的基础技能之一。Clustal是一款经典的多序列比对工具，支持DNA, RNA, 蛋白质的比对。官网如下http://www.clustal.org/
Clustal 有两个版本可用，之前的版本同时提供了GUI和命令行两种工具，GUI版的叫做ClustalX, 命令行版叫做ClustalW; 最新版本叫做Clustal Omega, 提供了命令行版，还可以通过在线服务网址进行可视化操作。
Clustal Omega是欧洲生物信息研究所（EBI）开发的多序列比对排列工具，现已经完全取代了之前ClustalW的地位。最新本的Clustal omega比对准确度更高，而且速度更快，适合大规模的多序列比对。使用该工具不仅能够对DNA或者蛋白质进行多序列比对，并且可以自动生成多种格式或构建进化树等。经测试，Clustal omega大规模多序列比对的速度比Muscle更快。
一、命令行操作
1.软件下载
在官网上，提供了源代码和编译好的二进制文件，通常情况下，直接下载对应的二进制可执行文件就行了。
网址为：https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
2.软件的基本用法
clustalo -i seq.fasta > align.fa
-i 指定输入的序列文件，默认输出结果打印在屏幕上，可以重定向到指定文件中。该软件支持多种格式的输出（fasta, clustal, msf, phylip, selex, Stockholm, Vienna）。默认输出格式为fasta, 可以通过--outfmt参数指定输出文件的格式。多序列比对不同于Blast的地方在于，Blast是局部比对，而多序列比对是全局比对。全局比对意味着需要将输入序列对齐到同一个水平来比对，一般是通过在输入序列中插入-来使得序列对齐。
二、在线服务网址操作
如果不习惯命令行的操作方式，也有在线服务可以使用。EBI提供的在线服务网址为：https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
1. 打开该网页，选择正确的序列类型，将之前得到的DNA或蛋白质序列全部复制、粘贴到序列框中（或上传序列文件）。
2. 参数设置推荐默认就好，点击Submit：
3. 经过一段时间等待，出现以下结果：
该结果将多个RNA按照同源序列重新进行排列，其中，共有序列下方以*表示，而非同源区域则以--隔开。
4. 定位共有序列的区域
这样，在比对结果中找到连续的*所对应的位置（一定要连续的），就是这几个转录变体的共有序列所在区域。
但是这种比对形式无法直接得到序列，可以将多行共有序列一一复制粘贴拼接在一起，也可以在任意一个转录变体中搜索共有序列的头和尾一小段，中间的就是共有序列。
此外，在输出结果中，还提供了颜色标记，进化树可视化等功能。
通过Mview可视化多序列比对结果；也支持导出到Jalview软件中进行可视化。
通过Phylogenetic Tree可以查看进化树的结果，默认采用NJ法建树，示意如下也可以通过Send to Simple Phylogeny, 创建进化树，支持NJ和UPGMA两种建树方式。
参考： https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079224
- 发表于 2022-09-09 14:21
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- 分类：软件工具
