转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo
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- 安生水
- 发布于 2024-04-01 11:36
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安生水
GATK 4.4.0报错“ A JNI error has occurred, please check your installation and try again”
报错 在利用GATK进行markdup和variant calling的时候出现报错： 报错的主要信息用红框框出了，错误信息是：错误为发生JNI错误，请检查安装并重试。 出现报错的原因： 1. javac与java版本...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-03-25 11:54
- 阅读 ( 2344 )
Ti Amo
使用bcftools文件提取vcf文件子集
1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下： Chr1 11787600 11793521Chr1 30028805 30042382Chr1 54966087 54970283Chr1 57228272 ...
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- rzx
- 发布于 2024-03-11 18:13
- 阅读 ( 5800 )
rzx
HISAT2比对时报错|(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)
我有12个样本在进行HISAT2比对时有3个样本出现报错(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL) 运行脚本： hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_re...
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- rzx
- 发布于 2024-03-07 10:12
- 阅读 ( 2160 )
vscode更新导致低版本系统无法登陆的问题
fa最新版vscode登录时会报错,因为一些系统基础软件版本太低了,所以如果不想回退版本,就需要更新一下 ▶ ldd --version #来看一眼自己的glibc版本 ldd (GNU libc) 2.37 Copyright (C) 2023...
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- xun
- 发布于 2024-02-02 14:24
- 阅读 ( 2204 )
xun
lnd无法下载样本名称含有+的数据
linuxnd linuxnd是linux系统下载诺禾致源测序数据的软件，其基础功能如list、cp、cp -d 已经在这篇文章中给大家列出： https://www.omicsclass.com/article/2084 错误的产生 该软件在遇到...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-01-31 10:52
- 阅读 ( 1796 )
超快的文件传输软件trzsz
对于服务器而言,和本地的文件互相传输是家常便饭,scp虽然快速,但是毕竟要打很多字,有点麻烦,lrzsz十多年没跟新了,所以我推荐了这个软件trzsz用法和lrzsz差不多,也有额外的功能,有需要自己看帮助...
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- xun
- 发布于 2024-01-09 10:56
- 阅读 ( 1898 )
LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel
在对基因组进行评估的时候，LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever，他并非是一个单一的工具，而是通过整合多个LTR预测软件的结果，过滤其中的假阳性LTR...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-01-04 14:29
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BLINK（C版本） 进行 GWAS分析的教程
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- 星莓
- 发布于 2023-12-27 11:31
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星莓
SURVIVOR工具进行结构变异结果文件的格式转换（bedtovcf）
结构变异结果文件格式转换工具——SURVIVOR
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-12-26 17:31
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每天学习一点点
GATK|Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx.
解决办法：https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤，就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除，一般情况下这个文件是空的。 然后再在命令行中添加-disable_auto_in...
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- rzx
- 发布于 2023-12-15 10:23
- 阅读 ( 1867 )
