HISAT2比对时报错|(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

我有12个样本在进行HISAT2比对时有3个样本出现报错(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL) 运行脚本: hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_re...

我有12个样本在进行HISAT2比对时有3个样本出现报错(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

运行脚本:

hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_refseqv2.1_assembly --dta -1 L2_1.clean.fq.gz -2 L2_2.clean.fq.gz 2> L2.summary

运行一段时间后,出现报错:

(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

google之后怀疑是基因组太大,然后服务器物理内存不够导致的,也可能当时同一时间运行的任务过多。所以重新换了一个大节点。就解决问题了。





  • 发表于 2024-03-07 10:12
  • 阅读 ( 215 )
  • 分类:软件工具

0 条评论

请先 登录 后评论
rzx
rzx

68 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 658 文章
  2. 安生水 328 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. xun 68 文章
  8. rzx 68 文章