HISAT2比对时报错|(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

我有12个样本在进行HISAT2比对时有3个样本出现报错(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL) 运行脚本: hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_re...

我有12个样本在进行HISAT2比对时有3个样本出现报错(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

运行脚本:

hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_refseqv2.1_assembly --dta -1 L2_1.clean.fq.gz -2 L2_2.clean.fq.gz 2> L2.summary

运行一段时间后,出现报错:

(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

google之后怀疑是基因组太大,然后服务器物理内存不够导致的,也可能当时同一时间运行的任务过多。所以重新换了一个大节点。就解决问题了。





  • 发表于 2024-03-07 10:12
  • 阅读 ( 331 )
  • 分类:软件工具

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