软件工具 - 推荐的文章 - 第12页 - 组学大讲堂问答社区

LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

在对基因组进行评估的时候，LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever，他并非是一个单一的工具，而是通过整合多个LTR预测软件的结果，过滤其中的假阳性LTR...

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Ti Amo
发布于 2024-01-04 14:29
阅读 ( 5679 )

BLINK（C版本）进行 GWAS分析的教程

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星莓
发布于 2023-12-27 11:31
阅读 ( 9014 )

SURVIVOR工具进行结构变异结果文件的格式转换（bedtovcf）

结构变异结果文件格式转换工具——SURVIVOR

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每天学习一点点
发布于 2023-12-26 17:31
阅读 ( 3234 )

ssh登陆报错

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安生水
发布于 2023-12-18 16:19
阅读 ( 2499 )

GATK|Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx.

解决办法：https://www.omicsclass.com/article/2194 这里还有一个需要做的步骤，就是先将raw.vcf.tmp.idx文件找到并删除，一般情况下这个文件是空的。然后再在命令行中添加-disable_auto_in...

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rzx
发布于 2023-12-15 10:23
阅读 ( 2371 )

SURVIVOR合并单样品SV出错

在做SV、CNV变异检测时，会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起，命令如下： ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...

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安生水
发布于 2023-12-13 13:51
阅读 ( 3801 )

break报错

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安生水
发布于 2023-12-06 14:47
阅读 ( 1862 )

vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index

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星莓
发布于 2023-12-05 10:01
阅读 ( 6687 )

叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF

TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便，同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html

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星莓
发布于 2023-11-29 10:51
阅读 ( 5570 )

circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色

circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数： <link> #全基因组共线性 bezier_radius=0r...

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rzx
发布于 2023-11-22 11:41
阅读 ( 3617 )

GeneDoc|绘制基因多序列比对图时对序列进行排序

打开GeneDoc软件，输入序列之后，序列顺序是输入文件中序列的顺序。如图：这种情况下想使序列按照ID进行排序的话，应选择菜单栏中“Sequence List”选项，如图【S】：在弹出界面选择<Sort...

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rzx
发布于 2023-11-16 14:49
阅读 ( 3875 )

BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

问题：在用BWA进行序列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI...

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星莓
发布于 2023-11-16 13:49
阅读 ( 3189 )

seqkit计算基因组大小

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安生水
发布于 2023-11-08 10:21
阅读 ( 2858 )

数据分析代码2__用法

代码介绍

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xun
发布于 2023-10-31 17:32
阅读 ( 1685 )

TGS-gapcloser 安装与使用

基因组组装过程中会得到草图的scaffold，需要进一步进行gaps的关闭。TGS-gapcloser 是华大基因开发的，一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。

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Ti Amo
发布于 2023-10-30 17:19
阅读 ( 5751 )

Unicycler二代、三代混合组装

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星莓
发布于 2023-10-26 14:31
阅读 ( 3407 )

RagTag：同源锚定延伸

RagTag是一个集合功能的软件可以用来构建scaffold、提升基因组组装质量

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Ti Amo
发布于 2023-10-25 13:35
阅读 ( 4533 )

绘制HIC热图

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安生水
发布于 2023-10-25 10:42
阅读 ( 6645 )

Bowtie2使用方法与参数详细介绍

对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam使用8个线程进行比对bowtie2 -p 8...