使用bcftools文件提取vcf文件子集

1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下: Chr1    11787600        11793521Chr1    30028805        30042382Chr1    54966087        54970283Chr1    57228272     ...

1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下:

Chr1    11787600        11793521
Chr1    30028805        30042382
Chr1    54966087        54970283
Chr1    57228272        57231222
或者指定具体位点
Chr1    11787600
Chr1    30028805
Chr1    54966087
Chr1    57228272
2. 要处理的vcf文件(snp/indel)。注意bcftools处理的vcf文件要用gbzip压缩并构建索引才行。snp.vcf文件示例如下:

attachments-2024-03-HUFP19NP65eed891bec2a.png

3. 处理命令:

bgzip snp.vcf    #压缩
tabix -p vcf snp.vcf.gz    #建索引
bcftools view -R id.list snp.vcf.gz  >snp.pos.vcf    #提取子集
4. 最后就会得到想要(基因)位置的snp/indel信息




  • 发表于 2024-03-11 18:13
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  • 分类:软件工具

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