使用bcftools文件提取vcf文件子集
1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下：
Chr1 11787600 11793521Chr1 30028805 30042382Chr1 54966087 54970283Chr1 57228272 ...
1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下：
Chr1 11787600 11793521
Chr1 30028805 30042382
Chr1 54966087 54970283
Chr1 57228272 57231222
或者指定具体位点
Chr1 11787600
Chr1 30028805
Chr1 54966087
Chr1 57228272
2. 要处理的vcf文件（snp/indel）。注意bcftools处理的vcf文件要用gbzip压缩并构建索引才行。snp.vcf文件示例如下：
3. 处理命令：
bgzip snp.vcf #压缩
tabix -p vcf snp.vcf.gz #建索引
bcftools view -R id.list snp.vcf.gz >snp.pos.vcf #提取子集
4. 最后就会得到想要(基因)位置的snp/indel信息
- 发表于 2024-03-11 18:13
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- 分类：软件工具
