NCBI 基因组文件下载——datasets

datasets和dataformat是NCBI的命令行(Command line tools)工具,datasets可以下载ncbi上的生物数据,dataformat可以将metadata数据从json格式转化成其他格式类型。 1. 下载工具 curl -o d...

datasets和dataformat是NCBI的命令行(Command line tools)工具,datasets可以下载ncbi上的生物数据,dataformat可以将metadata数据从json格式转化成其他格式类型。


1. 下载工具

curl -o datasets 'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/datasets/command-line/v2/linux-amd64/datasets'
chmod -R 777 ./datasets


2.利用datasets下载数据

在这里选择了基因组和gff进行下载,下载的文件在GCA_027406505.1.zip里

./datasets download genome accession GCA_027406505.1 --include  genome,gff3 --filename GCA_027406505.1.zip


3. 帮助信息

./datasets --help
Data Retrieval Commands
  summary     Print a data report containing gene, genome or virus metadata
  download    Download a gene, genome or virus dataset as a zip file 下载的结果是:ncbi_dataset.zip
  rehydrate   Rehydrate a downloaded, dehydrated dataset


./datasets download --help
gene        Download a gene data package
genome      Download a genome data package
virus       Download a virus data package

参考:

How-To Guides (nih.gov)

  • 发表于 2024-04-24 16:52
  • 阅读 ( 306 )
  • 分类:软件工具

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Ti Amo
Ti Amo

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