使用fastp软件对fastq文件进行剪切

使用fastp软件对fastq文件进行剪切

fastp是一款数据质控软件,可以对测序数据进行处理。这里介绍如何对fastq文件进行剪切。

其命令如下:

fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz --disable_adapter_trimming --trim_tail1 100 --thread 4


参数:

--in1    read1输入文件

--out1    read1剪切后输出文件

--in2    read2输入文件

--out2    read2剪切后输出文件

--trim_front1    对read1的头部剪切

--trim_front2    对read2的头部剪切

--trim_tail1    对read1的尾部剪切

--trim_tail2    对read2的尾部剪切

--disable_adapter_trimming  接头修剪默认启用。 如果指定此选项,则禁用接头修剪

--thread    设置线程数

  • 发表于 2024-02-22 17:33
  • 阅读 ( 561 )
  • 分类:软件工具

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安生水
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