GFF或GTF格式转bed

GFF或GTF格式转bed

gff2bed和gtf2bed都是BEDOPS的程序;所以使用之前需要安装# BEDOPS;

软件安装

$ git clone https://github.com/bedops/bedops.git
$ cd bedops
$ make
$ make install

GFF格式转bed

gff2bed <gencode.v19.annotation.gff3 > test.bed
convert2bed -i gff -o bed <gencode.v19.annotation.gff3 > test.bed

GTF格式转bed

gtf2bed <gencode.v19.annotation.gtf > test.bed
convert2bed -i gtf -o bed <gencode.v19.annotation.gtf > test.bed
  • 发表于 2024-03-14 14:02
  • 阅读 ( 161 )
  • 分类:软件工具

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安生水
安生水

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