GFF或GTF格式转bed

GFF或GTF格式转bed

gff2bed和gtf2bed都是BEDOPS的程序;所以使用之前需要安装# BEDOPS;

软件安装

$ git clone https://github.com/bedops/bedops.git
$ cd bedops
$ make
$ make install

GFF格式转bed

gff2bed <gencode.v19.annotation.gff3 > test.bed
convert2bed -i gff -o bed <gencode.v19.annotation.gff3 > test.bed

GTF格式转bed

gtf2bed <gencode.v19.annotation.gtf > test.bed
convert2bed -i gtf -o bed <gencode.v19.annotation.gtf > test.bed
  • 发表于 2024-03-14 14:02
  • 阅读 ( 732 )
  • 分类:软件工具

0 条评论

请先 登录 后评论
安生水
安生水

341 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 694 文章
  2. 安生水 341 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. xun 77 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章