筛选出的蛋白怎么去进一步研究它呢？很多人还只停留在定量水平，蛋白质表达量肯定是一个值得考虑探究的因素，但是蛋白质的空间结构与其功能更是相关；蛋白质结构预测你会吗？今天给你分享一款很实用的蛋白结构、功能和变异预测分析的在线工具，感兴趣的小伙伴认真看一下吧！

Phyre2简介

Phyre2是Phyre的升级版，主要使用远程同源检测的方法对蛋白序列进行3D建模，预测配体结合位点和氨基酸变异影响( nonsynonymous SNPs)，Phyre2分析功能强大，界面简洁，操作简单，是一款很实用的蛋白结构、功能和变异预测分析的在线工具。

Phyre2蛋白建模方法

蛋白的建模常见有三种方法：1. 同源建模法(homology modeling)；2. 线串法(threading)；3. 重头预测法(ab initio)；其中同源建模法是使用最为广泛的一种方法。

Phyre2有两种建模方式Normol mode和Intensive mode；Normol mode就是常规的同源建模，建模算法示意图如下：

Intensive mode综合了同源建模法和重头预测法两种算法，在Normol mode的基础上建立更完整的模型(full-length model)，建模步骤如下图。

更多信息请查阅原文献：https://www.nature.com/articles/nprot.2015.053

Phyre2的使用

Phyre2网址：http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index。

打开Phyre2网址，页面如下，网站无需注册即可使用，操作也非常简单，如下图，首先留下通信邮箱，以接收分析结果；然后给本次任务(Job)命名，再粘入蛋白序列，建模方法一般默认Modelling mode，最后一项任务用途默认other即可，最后点击Pryre Search开始预测任务。

一般情况下建模比较耗费时间，一般需要30min-2小时不等，不过此时，我们可以关闭此页面，任务已在网站服务器运行了，不必一直打开网站。

Phyre2的结果展示

收到的结果反馈邮件主要结果如下，附件是pdb格式的蛋白模型文件，具体序列分析、二级结构、结构与分析等信息点击网页版结果文件链接即可打开。

网页版结果文件链接打开如下图：

1. 序列分析

点击"View PSI-Blast Pseudo-Multiple sequence Alignment"可查看多重序列比对图，该图是最新的非冗余蛋白序列库扫描查询序列的结果，为了确保比对能产生准确的二级结构预测，同源蛋白评估的 E 值应<0.001。

2. 二级结构预测

如下图，第一行为序列位置，氨基酸基于性质着色：极性的氨基酸 A,S,T,G,P 为黄色，疏水性的氨基酸 M,I,L,V 为绿色，荷电性的氨基酸 K,R,E,N,D,H,Q 为红色，芳香性的氨基酸 W,Y,F,C 为紫色；置信度评估行：红色表示高置信度9，蓝色为低置信度0，中间共划分10个等级，详见图下方图注部分。

3. 结构域分析

下图每一行为一条蛋白序列，用颜色表示同源性的置信度高低（红色表示高置信度，蓝色为低置信度），着色框的宽度表示比对上的序列长度；网页版下，将鼠标悬停在蛋白ID上，会弹出模型的图片和详细信息，点击蛋白ID可直接转到下方4. 详细模板信息对应的蛋白信息。

4. 详细模板信息

该部分内容展示了按置信度高低排列的蛋白质模板的信息，内容有：序列的覆盖率、3D 模型、置信度、百分比序列标识和文本描述，在这一栏中还有一个名为Run Investigator 的按钮，单击此按钮，可以对感兴趣的模型进行进一步分析。

好了，今天就先写到这里，Phyre2更多分析功能下期再详细介绍，敬请关注！

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