如何将基因组的注释文件gff转化成基因的注释文件gtf
在做分析的时候，有时候我们需要将gff文件转化为gtf，如何转化呢？ 这里有一个小工具，虚拟机的bio-linux自带不需要安装，就是gffread： 命令行格式：gffread gff文件 -T -o gtf文件，...
- 0
- 2
- landy
- 发布于 2018-05-11 10:55
- 阅读 ( 7015 )
landy
获取MOTIF 位置信息矢量图
MEME(Motif-based sequence analysis tools)大家都很了解，是搜索DNA或者蛋白质的motif常用工具，结果输出一般是有四个文件，motif的图形展示文件（LOGO），txt文本，html的网页信息文件及xml...
- 5
- 2
- landy
- 发布于 2018-04-22 21:05
- 阅读 ( 17673 )
生信老顽童
让AI帮你处理数据，绘制图表！让你强到可怕！
随着DeepSeek等AI人工智能的迅猛发展，我们作为新时代的生命科学从业人员也要充分利用时代红利来辅助我们的研究。今天要给大家推荐2场超实用的直播小课-《让AI帮你绘图》和《让AI帮你处理数据》...
- 0
- 1
- 红橙子
- 发布于 2025-04-16 20:39
- 阅读 ( 863 )
红橙子
蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用
简介： MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，免费使用，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据格式（.raw、.wiff、.mzML、.mzxml）。且内置了自己的肽段搜索引擎-...
- 1
- 1
- rzx
- 发布于 2024-06-26 11:52
- 阅读 ( 7330 )
rzx
一行代码检查GWAS分析中表型数据的错误
- 0
- 1
- 星莓
- 发布于 2023-12-13 10:56
- 阅读 ( 1548 )
星莓
xun
每天学习一点点
叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter
REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释， 详情可参考文献 REPuter: the manifold applications of...
- 1
- 1
- 星莓
- 发布于 2023-10-11 15:30
- 阅读 ( 6064 )
blastn使用方法及结果详解
- 0
- 1
- 星莓
- 发布于 2023-09-20 15:19
- 阅读 ( 5366 )
OthroFinder-物种同源基因分析工作原理
Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件，除此之外，还可以使用OrthoMCL，今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图： 1.1 （a）将所有物种的...
- 0
- 1
- rzx
- 发布于 2023-06-15 16:15
- 阅读 ( 5599 )
叶绿体基因组四个区边界作图——irscope：本地化及使用教程（2023.02）
大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构，即由LSC、SSC以及一对IR区域构成，IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过irscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比...
- 0
- 1
- 星莓
- 发布于 2023-02-15 15:53
- 阅读 ( 5606 )
MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR
SSR (Simple Sequence Repeat)，即简单重复序列，是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术，也称为微卫星序列或者串联重复。
- 0
- 1
- 星莓
- 发布于 2023-02-06 11:04
- 阅读 ( 3470 )
生信阿姨
notepad++显示所有字符（隐藏的回车换行空格）转换CRLF
notepad++显示所有字符（隐藏的回车换行空格）转换CRLF
- 0
- 1
- 生信阿姨
- 发布于 2022-10-19 09:42
- 阅读 ( 5859 )
关于CodeML分析中Branch-Site模型假设
branch-site models 类似于branch model和site model的合集，主要假设基因的不同位点间（site）和系统发育树的不同分支间（branch）的ω值均是变化的，目的是检验前景枝中正选择作用对部分位点的...
- 0
- 1
- rzx
- 发布于 2022-10-10 17:12
- 阅读 ( 3208 )
安生水
fangs
