如何预测蛋白质保守结构域？-InterPro在线工具使用详解
Domain-结构域分析是研究蛋白功能时不可或缺的分析项，那么如何去预测蛋白的保守结构域呢？以前我们给大家分享过NCBI提供的CD-search工具的使用，详情请点击链接学习：如何正确预测基因的保守结构域？！今天我们再给大家介绍一款非常好用的保守结构域预测在线工具，非常适合零基础学员操作，下面我们一起来揭开它的神秘面纱-InterPro。
InterPro简介
InterPro是集成的蛋白质结构域和功能位点数据库，包含关于蛋白质家族、域、重复序列、和作用位点等数据资源，同时，InterPro也包含很多来自不同数据库的诊断签名的人工注释文件，形成了一个给定的蛋白质家族、结构域和功能位点的独特描述。
Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam、PRINTS、ProSitePatterns、ProSiteProfiles、SMART、SUPERFAMILY、 TIGRFAM、ProDom、PIR 数据库，每两个月更新一次，是非常好用的蛋白序列功能注释数据库。
网址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/ ，主页如下：
InterPro的使用
InterPro在线工具可以通过3种形式提交数据，如下：
1. 序列提交：将蛋白序列粘贴到文本框或者用文本文件提交，点击search即可进行分析。
2. 蛋白ID等提交：by text选项可以提交多种形式的ID或者关键词，如下图红框，可以是蛋白ID、GO term ID、关键词等。
3. 按结构域查找：点击Add Domain to include按钮，填写结构域Pfam ID，即可查询Pfam数据库中含该结构域的蛋白，并且还可以通过点击Add Domain to exclude按钮，添加不包含某结构域条件进行快速筛选。
结果展示
InterPro结果展示很简洁，如下图，Overview选项下，结构域种类及位置一目了然，将鼠标放置在结构域彩色条上会展示更加详细的信息，除了展示结构域信息外还有GO注释信息。
点击Entries选项，这里会更加突出地展示结构域信息，并且可以选择比对数据库，有选择性展示结构域信息。
假如想看匹配到的结构域的具体序列，可以在Overview选项下，点击Export，选择GFF格式，根据结构域位置信息查看具体序列。
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- 发表于 2022-01-19 21:53
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- 分类：软件工具
