如何预测蛋白质保守结构域?-InterPro在线工具使用详解

Domain-结构域分析是研究蛋白功能时不可或缺的分析项,那么如何去预测蛋白的保守结构域呢?以前我们给大家分享过NCBI提供的CD-search工具的使用,详情请点击链接学习:如何正确预测基因的保守结...

Domain-结构域分析是研究蛋白功能时不可或缺的分析项,那么如何去预测蛋白的保守结构域呢?以前我们给大家分享过NCBI提供的CD-search工具的使用,详情请点击链接学习:如何正确预测基因的保守结构域?!今天我们再给大家介绍一款非常好用的保守结构域预测在线工具,非常适合零基础学员操作,下面我们一起来揭开它的神秘面纱-InterPro。

InterPro简介

InterPro是集成的蛋白质结构域和功能位点数据库,包含关于蛋白质家族、域、重复序列、和作用位点等数据资源,同时,InterPro也包含很多来自不同数据库的诊断签名的人工注释文件,形成了一个给定的蛋白质家族、结构域和功能位点的独特描述。

Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam、PRINTS、ProSitePatterns、ProSiteProfiles、SMART、SUPERFAMILY、 TIGRFAM、ProDom、PIR 数据库,每两个月更新一次,是非常好用的蛋白序列功能注释数据库。

网址:http://www.ebi.ac.uk/interpro/ ,主页如下:

attachments-2022-01-SzRiKQjn61e8166d0ab9b.png

InterPro的使用

InterPro在线工具可以通过3种形式提交数据,如下:

attachments-2022-01-BfHFPI4z61e816948cbed.png1. 序列提交:将蛋白序列粘贴到文本框或者用文本文件提交,点击search即可进行分析。

attachments-2022-01-UYm12u7661e816bdce66e.png2. 蛋白ID等提交:by text选项可以提交多种形式的ID或者关键词,如下图红框,可以是蛋白ID、GO term ID、关键词等。
attachments-2022-01-PdsgTHv161e816dcedc93.png3. 按结构域查找:点击Add Domain to include按钮,填写结构域Pfam ID,即可查询Pfam数据库中含该结构域的蛋白,并且还可以通过点击Add Domain to exclude按钮,添加不包含某结构域条件进行快速筛选。

attachments-2022-01-gD9KWxo561e816fcc858c.png

结果展示

InterPro结果展示很简洁,如下图,Overview选项下,结构域种类及位置一目了然,将鼠标放置在结构域彩色条上会展示更加详细的信息,除了展示结构域信息外还有GO注释信息。

attachments-2022-01-fPhajL8461e81721afa7f.png点击Entries选项,这里会更加突出地展示结构域信息,并且可以选择比对数据库,有选择性展示结构域信息。

attachments-2022-01-0oQOkzQP61e8174dcf0f8.png假如想看匹配到的结构域的具体序列,可以在Overview选项下,点击Export,选择GFF格式,根据结构域位置信息查看具体序列。

attachments-2022-01-DaJ3zXmx61e817776ae7c.pngattachments-2022-01-4kO48XQW61e8178f81b67.png


1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,又能发文章,又能学生信技能,一举两得的SCI好思路;基因家族分析课程已更新分析内容,最新版课程学习链接基因家族分析实操课程

2. 转录组数据结果理解不深入?图表看不懂?这就是你转录组数据不会挖掘、文章不会撰写的原因,让我带你一起深入了解转录组数据结果,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?多学点数据处理技能:学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘

5.微生物多样性分析很简单,但是分析内容项目并不少,理解起来有困难?看我深入浅出讲给你听,学习链接: 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

6. 学生物的必学生信技能:Docker安装与使用linux系统入门Perl语言入门到精通Python生信入门到精通perl语言高级编程

7. 生信绘图、科研绘图技能:Cytoscape与网络图绘制微生物OTU网络图绘制(CytoscapeR语言基础与绘图R语言绘图基础(ggplot2)

8.生物信息实战技能,0基础也可以学会,内含脚本及demo数据:RNAseq有参转录组自主分析基因组重测序自主分析、微生物多样性自主分析

9. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请扫描下方二维码进入组学大讲堂网校学习:

attachments-2018-11-eEmO1t6q5c01489ecbc34.jpg



  • 发表于 2022-01-19 21:53
  • 阅读 ( 3511 )
  • 分类:软件工具

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
红橙子
红橙子

78 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 532 文章
  2. 安生水 252 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. 生信老顽童 48 文章
  8. landy 37 文章