如何预测蛋白质保守结构域？-InterPro在线工具使用详解
Domain-结构域分析是研究蛋白功能时不可或缺的分析项，那么如何去预测蛋白的保守结构域呢？以前我们给大家分享过NCBI提供的CD-search工具的使用，详情请点击链接学习：如何正确预测基因的保守结构域？！今天我们再给大家介绍一款非常好用的保守结构域预测在线工具，非常适合零基础学员操作，下面我们一起来揭开它的神秘面纱-InterPro。
InterPro简介
InterPro是集成的蛋白质结构域和功能位点数据库，包含关于蛋白质家族、域、重复序列、和作用位点等数据资源，同时，InterPro也包含很多来自不同数据库的诊断签名的人工注释文件，形成了一个给定的蛋白质家族、结构域和功能位点的独特描述。
Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam、PRINTS、ProSitePatterns、ProSiteProfiles、SMART、SUPERFAMILY、 TIGRFAM、ProDom、PIR 数据库，每两个月更新一次，是非常好用的蛋白序列功能注释数据库。
网址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/ ，主页如下：
InterPro的使用
InterPro在线工具可以通过3种形式提交数据，如下：
1. 序列提交：将蛋白序列粘贴到文本框或者用文本文件提交，点击search即可进行分析。
2. 蛋白ID等提交：by text选项可以提交多种形式的ID或者关键词，如下图红框，可以是蛋白ID、GO term ID、关键词等。
3. 按结构域查找：点击Add Domain to include按钮，填写结构域Pfam ID，即可查询Pfam数据库中含该结构域的蛋白，并且还可以通过点击Add Domain to exclude按钮，添加不包含某结构域条件进行快速筛选。
结果展示
InterPro结果展示很简洁，如下图，Overview选项下，结构域种类及位置一目了然，将鼠标放置在结构域彩色条上会展示更加详细的信息，除了展示结构域信息外还有GO注释信息。
点击Entries选项，这里会更加突出地展示结构域信息，并且可以选择比对数据库，有选择性展示结构域信息。
假如想看匹配到的结构域的具体序列，可以在Overview选项下，点击Export，选择GFF格式，根据结构域位置信息查看具体序列。
日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决：
1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图，点这个链接：单细胞/空间转录组分析实操
2. 2区文章发文新思路，0实验就能发文章，省钱省时间，套路化内容好写易发表，0基础学习最新版基因家族分析/泛基因家族分析链接：最新基因家族分析 ；最新版泛基因家族分析
3. 转录组越做越普遍，实验必备，看不懂结果？不会深入分析？自学都可以搞定，学习链接：有参转录组自主分析实操 ；转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ；
4. 代谢组分析硬件要求不高，个人电脑就可以分析，0基础学习链接：代谢组分析实操
3. 现在才是发表T2T基因组/泛基因组文章的好时机，成本低，好发表，做好高级个性化分析发表高分1区不是梦！T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接：T2T基因组组装与注释分析；动植物泛基因组分析 ；比较基因组分析
4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章，篇篇10+分，缩短分析周期，提升文章亮点，勇敢冲击NGS顶刊，学习链接：群体遗传进化GWAS分析 ；
5. 传统图位克隆研究方法经久不衰，有遗传群体，有性状，自己就可以做，学习链接：遗传图谱构建与QTL分析
6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析，学习链接：宏基因组分析 ；微生物16S/18s/ITS多样性分析
7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路，成本低，文章好发，性价比极高，学习链接：线粒体基因组分析实操 ；叶绿体基因组分析实操
8. 数据分析硬件利器，个人分析能力的倍增器，好用便宜的云生信服务器，专门为高通量测序数据分析而生，了解链接：云生信服务器
9. 免费好课，个人能力提升，生信入门，不可错过，内容涵盖：生信语言与工具基础、R语言绘图、常见科研绘图、数据处理技能等，免费好课总入口：
10. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击进入组学大讲堂网校学习
- 发表于 2022-01-19 21:53
- 阅读 ( 43381 )
- 分类：软件工具
