SNP不能转化成CAPS标记?来试试dCAPS吧!

dCAPS是由CAPS标记衍生的分子标记。它是通过引物引入错配的碱基,从而构建或者去除限制性内切酶识别位点的标记技术

之前在 如何将SNP标记转化成可跑胶验证的CAPS标记 文章中介绍了一种将SNP标记转换为CAPS标记的方法,今天,小编再给大家介绍一种应用范围更广的标记——dCAPS。

dCAPS简介

dCAPS听名字就知道和CAPS有很大的关系,它是由CAPS标记衍生的分子标记。dCAPS是通过引物引入错配的碱基,从而构建或者去除限制性内切酶识别位点的标记技术。

dCAPS的优势

CAPS仅限于突变位点能够产生或破坏限制酶识别位点的情况,而dCAPS没有此限制,几乎所有SNP都可转化为dCAPS标记。此外,CAPS的优势dCAPS同样具有。

dCAPS的工作原理

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如图所示,1 中的两条序列分别是野生型与突变型个体的DNA序列,倒数第3位碱基为SNP位点,该位点不在限制性内切酶识别位点上。但若将TG(绿色字体)改为CC,则该SNP位点将位于 BslI 限制性内切酶识别位点上。因此,通过引物引入错配的碱基CC,将构建限制性内切酶识别位点,酶切后通过琼脂糖或丙烯酰胺凝胶电泳分离时,由RE切割的PCR产物将容易区分出不同的模式。

dCAPS引物设计

dCAPS引物设计的软件较少,大多使用的都是网页版的 dCAPS Finder 2.0,少数引物的设计可以使用该软件,地址:http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html

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使用方法:

  1. 分别输入两种类型的序列。需注意的是,除SNP外,两条序列是相同的;SNP最好位于序列中间,两边各有25bp左右的碱基;序列总长度不能超过60bp;并且只允许出现A、C、G、T四种字符。

  2. 第三个输入框中输入允许的错配碱基数,如果是0,则寻找的是CAPS标记。

  3. 提交运行,可能会花一点时间,耐心等候。

dCAPS Finder 2.0只是设计了一端的引物,另一端需要另外设计,使用primer 3.0或5.0都可以实现,这个属于常用技能了,在此就不额外介绍了。


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  • 发表于 2018-05-30 13:41
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