Minimap2安装与使用
minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比，Minimap2可以用于三代测序， 也支持 splicing awared 比对；与一些传统三代比对工具相比，Minimap2 速度非常快，...
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- 星莓
- 发布于 2023-05-12 11:07
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星莓
安生水
blastn使用教程及结果详解
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对
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- 星莓
- 发布于 2023-05-29 14:49
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提取 VCF 文件中的基因型信息
VCF 是一种常用的生物信息学文件格式，用于存储基因组中的遗传变异数据，特别是单核苷酸多态性（SNP）和小插入/缺失（Indel）等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成，可以用文本编辑器进行查看...
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- 星莓
- 发布于 2023-06-15 15:59
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每天学习一点点
Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)
在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍，这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树（Phylogenetic tree）。 在Orthofinder结果文件中有一...
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- rzx
- 发布于 2023-06-15 17:33
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rzx
OthroFinder-物种同源基因分析工作原理
Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件，除此之外，还可以使用OrthoMCL，今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图： 1.1 （a）将所有物种的...
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- rzx
- 发布于 2023-06-15 16:15
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如何从GWAS结果中获取表型解释率PVE——TASSEL、GEMMA篇
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- 星莓
- 发布于 2024-01-11 14:09
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easySFS的使用
位点频谱SFS (site frequency spectrum)，用来显示一个种群中特定基因座上各个等位基因所占的频率。easySFS是一种高效构建位点频谱的工具，它可用于将VCF转换为dadi/fastsimcoal/momi2可接纳的格式进行人口统计分析。
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- Ti Amo
- 发布于 2023-07-20 15:10
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Ti Amo
Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具
Seqtk工具地址：https://github.com/lh3/seqtk Seqtk工具命令： 操作举例： 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式； seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ（Illumina 1.3+）格式...
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- rzx
- 发布于 2023-06-26 14:20
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叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter
REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释， 详情可参考文献 REPuter: the manifold applications of...
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- 星莓
- 发布于 2023-10-11 15:30
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blastn使用方法及结果详解
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- 星莓
- 发布于 2023-09-20 15:19
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R包 CandiHap 进行单倍型分析
CandiHap是一款应用于全基因组关联分析（GWAS）后，快速分析基因单倍型来鉴定候选基因的一款友好软件。研究者可通过该软件对单个基因，或者对GWAS显著关联位点LD范围内所有基因进行单倍型分析，发现与性状显著关联的单倍型和候选基因。
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- Ti Amo
- 发布于 2023-10-16 15:30
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trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数
在生信分析时，经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中，一些不保守的列，我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析，比如构建进化树，进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...
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- rzx
- 发布于 2023-12-13 10:51
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vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式
gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index
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- 星莓
- 发布于 2023-12-05 10:01
- 阅读 ( 1109 )
