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用GSDS构建启动子元件图出现Error: BED file parsing error. Error: GFF file parsing error. Error: 35

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老师，我发现同一物种在不同的网站下载的cds,pep,gff文件信息有些不同，比如有个转录本信息在NCBI下载的cds文件中就可以找到，在jgi下载的cds文件中就没有。这样鉴定的成员数目是不是就不对呢

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老师，一个物种的某个基因家族基因鉴定完成，我还有必要再次鉴定其数目吗，还是说按着已发表文章家族成员，继续向下分析。

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请问做cp群的遗传图谱可以用偏分离的标记吗？

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导入的过程中，遇到了这个错误，卸载了再弄也是这样，请老师帮忙解答一下，谢谢。

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10 GEOquery包的getGEO函数无法下载 无法与服务器建立连接

  • 2019-11-11 16:41
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老师，请问我在做基因组间共线性分析，我的gff 文件，和cds 文件格式如下，如何修改这两个脚本文件get _gene _bed.pl和get _fa _by _bed. pl ，才能提取成功进行下一步分析，谢谢！！

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老师，比如hmmsearch 的输出文件WRKY_domain_new_out.txt只能筛选50个ID信息，而我想输出列表筛选显示更多的ID，将E值调大，怎么做

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关于TCGA的下载，学了课程还是遇到点问题，求老师指点

  • jing 2019-11-11 14:49
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老师，请问我在甘蓝型油菜A09 染色体定位出一个区段200kb ，如何找出他在白菜A09 染色体上的同源区段啊，谢谢！！

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请问老师，gff 文件中有id 信息，但是cds 文件中只有转录本信息，如何进行修改课程脚本，进行cds 提取啊！

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下图蓝色块是我想研究的结构域，按老师讲的脚本应该$a[9]==3，可是为什么提取不到这部分的结构域序列呢？请问哪里是不是错了呢？我该怎样调整呢？之前做的这个文件geneid2mRNAid.txt也是空的。

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老师您好，请问一下在做WGCNA的时候，形状数据文件具体是哪种的呢，因为课程里的是直接给出来的形状文件做分析，看着有点摸不着头脑，想请问一下这个形状文件是怎么来的吗？我还不太理解这个文件

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老师，您好。我完全按照视频课程整理好自己的数据，按照相同的操作，案例数据可以出图，自己的数据却不行。您可以指导一下么？我的OTU ID不对么？还是我的丰度值太大呢？我没有搞明白我的数据错在哪里还是说筛选的时候要更改设置？感谢！

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请问一下做WGCNA时，出现这种问题如何解决呢？用的是课程的数据

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5 你好，冒昧打扰！我是小白，想向你请教mapman问题。就是自己数据ID怎么与mappingID匹配上？

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5 mapman Mercator注释碱基序列过长如何解决？

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qPCR问题

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无法运行meme

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3 如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家族成员ID，得到了家族成员列表，后续的基因家族分析中都再用WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt,而不用confirmed_IDlist.txt。我用了一下后者，后续文件提取不成功。如果只有家族成员ID，没有hmmsearch的输出文件，后续的基因家族分析怎么做