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MCSCANX和KAKS计算出的共线性对数目不一致，虽然用的都是70%同源性。这合理吗？如果用KAKS计算出的基因对做circos圈图合理吗？

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老师好，想请教一下，如果拟搜索的家族是一个超家族，序列长度较长，比如图，463bp。用hmmsearch后，hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段，比如310~460的部分片段，但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选？如何建立自己的隐马科夫模型？谢谢

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计算串联重复时，满足两个大于75的标准，但是不在一条染色体上，也不属于片段重复（MCscanx结果显示）。请问这种情况属于什么重复方式？

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5 物种内共线性对数太少调节哪个数值可以多一些？

1 解决

10 s

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GEOquery 下载不了数据

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老师您好，我根据课程步骤的指令，改不了文件的格式，我能找到format_fa_for_qiime.pl文件，还把它放到了操作的文件夹，但是电脑找不到这个文件，是什么原因呢

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老师好，我按照课程输入指令后，没有更改文件格式，是哪里出问题了

  • 2020-12-24 10:58
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老师，您好，微生物多样性分析课程里质控数据统计分汇总中的$scriptdir/qc_stat.qc脚本是样本名称吗，下载了公众号的文件，没找到scripts文件，这一步不知道怎么运行了

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5 老师，微生物多样性分析课程资料中没有找到scripts文件，微生物多样性分析中的质控数据统计除了用$scriptdir下的文件还可以用其他的吗？

  • 2020-12-23 14:40
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你好，batch cd search 没有任何信息出来是因为什么呢

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多样性数据实操 OTU注释报错

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16s注释报错

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Linux服务器上，运行提取结构域的脚本的时候，出现未安装Bio/SeqIO.pm in @INC的错误，请问如何解决

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大家好，我想问一下，在转录组测序结果中FDR显示--是检测不出来还是其他的意思？

  • 2020-12-19 17:28
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老师，请问在进行共线性分析时，出现ValueError: A total of 0 anchor was found. Aborted.是什么原因呀？

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测序数据质控中Q20、Q30是什么意思？包括合同中写的Q30大于80%。

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请教大家问题，做转录组分析，在做差异表达的时候，可不可以同时比较三个组

  • Iron 2020-12-18 11:20
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5 您好，我使用rescript结合您发表的qiime2分类器建立sliva数据库一文，发现自己做到最后一步，数据库训练时一直显示内存不够，除了增加内存，还有没有其他的办法解决这个问题？例如，设置那些参数之类的？或者，我还要多大的内存才能做呢？谢谢

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10 WGCNA中想做一个样本——模块热图，求指教