筛选差异分析基因的时候上调下调基因数量差别太大正常吗？

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limma 筛选差异基因的时候，上调基因80多个，很少，但是下调基因多大900 多个，这样正常吗？请教大家一下，谢谢

# 以logFC>1，Qvalue<0.05为阈值进行过滤
up <- subset(DEG1, adj.P.Val < 0.05 & DEG1$logFC >= 1)
down <- subset(DEG1, adj.P.Val < 0.05 & DEG1$logFC <= -1)

默认排序时间排序

1 个回答

omicsgene - 生物信息 2021-10-20 09:41

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

有可能的，正常的，