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5 求助大佬，MCScanX输出结果空白

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5 疾病与正常对照的微生物群落CoNet分析

  • Lynn 2020-03-07 20:37
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20 【NCBI传数据aspera】老师请教一下，在Mac的终端里，这段命令没有反应，也想不到解决办法了。

  • 2020-03-07 17:41
1 解决

5 求助大佬，通过id提取domain序列的时候，e_value设置1e-20一个都没有怎么办？

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5 老师您好，在用mcscan分析之前发现，gff文件里没有gene，只有cds和exon怎么处理？

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5 各位老师好，我在做拟南芥紫色酸性磷酸酶基因家族分析，该家族中有29个相关基因，我通过pfam 数据库关键词搜索得到一个检索号，然后下载后通过hmmsearch 分析，但结果只有25个相关基因，请问是怎么回事？问题出在哪里？

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5 clustalw我输入1,回车,结果1被删除,程序不运行,试了无数次都是这样,哪位知道这是为什么呀?谢谢了!检查序列没有重复

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10 老师您好，做基因家族分析有几个问题不明白想问问您：（1）实在找不到组装到染色体的基因组，可以用scaffold水平的画基因重复性图吗？会不会影响发文章 （2）能不能分析两个比较有相关性的基因家族或者结合转录组分析，增加一点文章接受几率？（3）用hmmsearch筛选蛋白，构建新模型，再筛选，筛出来200多个蛋白，但是alignment之后发现保守结构域差别很大，gap特别多，是出了什么问题吗？

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5 请教老师mcscanX作图问题

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30 TCGA中比如说我要下病例报告，slide，还有msi怎么下载?

  • 2020-03-03 09:41
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3 请问在GEO中收到的比如肝癌的随便一篇文章的数据都能拿来分析自己的问题么？应该怎么选择用哪组数据

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5 老师您好，我想请问一下，通过分析找到的基因家族成员在NCBI上都是预测基因，继续分析没有问题吗

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50 如何解答以下问题呢？一直都是错的

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15 GATK中call SNP出来的SNP里面的ALT列出现 * 星号啥意思？

  • 2020-02-25 11:05
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15 GATK 建立压缩的VCF文件索引报错 IndexFeatureFile

  • 2020-02-24 16:52
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10 老师我想问一下用circos绘制基因组内共线性图时，config2.txt文件中的目标基因link.txt部分怎么更改才能使目标基因在图上的字体放大并且设置斜体？如下图：

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5 mcscan_layout参数都是有关什么呢？求教

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20 比较基因组学使用MCscanX报错，请老师抽空解答一下。

  • dec. 2020-02-23 18:19
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10 我按照系统说明进行biolinux的安装，但是在设置共享文件夹时总是报错，已经尝试过好多办法，还是没有解决。我现在特别着急弄这个，求各位高手指点！vbox实在官网下载的，biolinux.ova是从提供的网盘上下载的。

  • 2020-02-23 02:11
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100 你好！我参照《医学癌症TCGA-甲基化生存分析》中的方法做甲基化生存分析模型独立性验证时，将患者年龄分为3组分别进行验证，运行代码如图，但是运行后总是报错显示“找不到对象……”请问该如何解决？非常感谢！