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老师 您好， 我在分析有参RNA-seq数据，hisat2-build 构建索引的时候遇到如下报错

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TCGA数据用您们的脚本下不下来，每个TCGA的project数据组织都不一样，我不知道为什么您们就可以用一个脚本自信的运行所有的project

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关于genome.repeat.summary 的问题

  • 2023-04-18 23:30
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进化树分析时报错，这是怎么回事呢

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samtools过滤多重比对的-F 256参数设置

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我是应该选择出现多个结构域的文件吗，重复是指第十八和十九条染色体上同一个位置相同结果出现两次，那我该怎么判断哪个才是我的基因家族的保守结构域呢

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NCBI结构域

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下载srr文件

  • lizi 2023-04-15 16:05
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admixture绘制群体结构图

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老师好，我启动bio-linux时先黑屏一下,然后显示异常退出并出现下面的代码，请问该如何解决？

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启动bio-linux时黑屏一下然后退出，显示异常退出，并出现下面的代码

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MCSCANX结果图没有红线，MatE.collinear.pairs和MatE.tandem也没出东西

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5 请教一下，基因组hifi数据组装可不可以用一个近缘品种的Hi-C数据进行辅助拼装和染色体挂载

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你好，我也遇到了相同的问题“PSMC分析有效群体大小（Ne）,跑出来的psmc.fa文件是空的”，请问你的问题解决了吗？ 我的测序深度是150X

  • Roy 2023-04-13 22:39
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你好，我也遇到了相同的问题“PSMC分析有效群体大小（Ne）,跑出来的psmc.fa文件是空的”，请问你的问题解决了吗？ 我的测序深度是150X

  • Roy 2023-04-13 22:39
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做亚细胞定位，请问老师cyto_nucl这个说的是哪个位置；后面的数字又如何理解；cyto是说细胞质还是细胞骨架，因为开头字母都一样

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plink 报错

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老师，群体进化分析中做进化树的时候，VCF转换成phy文件，输入命令以后没有任何输出文件，自动中止了。

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做亚细胞定位，请问老师cyto_nucl这个说的是哪个位置；后面的数字又如何理解；cyto是说细胞质还是细胞骨架，因为开头字母都一样

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3 老师，您好，我们是做忙果基因家族分析的，用的是linux（用拟南芥的数据我们都能做出结果），但忙果注释文件gff总是报错，对我们学农的来说，对脚本真是一窍不通啊，根本不知道该怎么修改，老师叫我们把gff文件改成拟南芥的格式，用linux做，我们的基因id，mRNAid，蛋白id都是不一样的，我们想都改成与基因id一致的，我该怎么改啊，老师可以帮忙看看文件吗