genome

我想问一下,下载山羊基因组的时候,gff文件有两个一个Capra_hircus.ARS1.113.chr.gff3.gz, 一个是Capra_hircus.ARS1.113.gff3.gz, 我想问一下这个两个有什么区别,我如果比对重测序数据的话,下载哪个比较好?

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2 个回答

每天学习一点点

因为你没有给我们提供文件的信息,无法具体进行判断,只能通过文件名字推断“Capra_hircus.ARS1.113.chr.gff3.gz”可能是是包含染色体水平的基因组的注释信息文件,具体选择哪个还要看你自己的分析需求

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这个你要看看文件说明,或者自己打开看看的;

我推测 chr版本是染色体的,不包含其他scaffold;

另外文件是包含所有序列的,如果要完整的话建议选择这个文件;

具体还需要你去打开文件观察验证的;

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