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油棕MADS基因家族生物信息学分析

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老师，您好，在做WRKY基因家族进化树的时候，使用MEGA软件，进行domain比对做树的时候，需要将WRKY的两个domain提交吗？如果提交两个domain，基因名称重复的问题如何解决

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请问，在做WRKY基因家族分析提取结构域序列的时候perl script/domain_xulie.pl WRKY_hmm_out.txt Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa WRKY_domain.fa 1.2e-28；有必要提取第二个domain吗

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共线性

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10 老师，请问一下我在学习基因家族分析课程时，执行perl get_gene_weizhi.pl时，用拟南芥的基因id可以找到它的基因位置，但是用水稻id和gff文件找不到他的位置，这是什么原因

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基因组信息文件内容格式

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10 circo图中基因名称的标签显示不全（可以修改的参数都修改了，总共106个基因，只显示了99个，请问是哪里出了错了？）

  • WKJ 2020-03-26 18:56
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circo 绘图时基因标签不显示

  • WKJ 2020-03-26 16:40
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50 请问老师，为什么circos绘图基因名称的标签在图中不显示呢？？

  • 2020-03-26 16:31
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老师您好，我用MEGA7.0做系统进化树的时候，基因ID中有分号，但是不显示，如果在MEGA中修改ID 的话就显示错误。请问应该怎么解决呢

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10 请问linux系统怎么安装hmmer，为什么安装一直报错

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老师，您好，我想问一下，比如小麦基因组1A上的a基因和1B上的b基因是片段重复事件，1B上的b基因和1D上的c基因是片段复制事件，这三个基因是属于一个片段复制事件吗？急问，谢谢

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请问老师，这个报错是为什么啊

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MCScanX报错

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老师您好，在用pfam号进行基因家族搜索时，一次搜索得到的基因数目比文献当中报道的数目要少。是不是二次搜索建立物种特异hhm后，搜索的基因数有可能会多一点呀？

  • yan 2020-03-24 02:00
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请问一下要做进化树分析，至少需要多少个家族成员，只有两个是不是不可行？

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老师，我做进化树美化的时候，想出现如下两个环这种该如何操作呢？

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基因家族clustw的问题

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老师您好，我想问一下虚拟机“ Bio-Linux-8.0.7”在启动期间意外退出，退出代码为1（0x1）该怎么解决？

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老师，您好，基因家族鉴定后的数目只有6个，所以我又鉴定了一些其他物种里的该基因一起构建进化树，这样可以吗？谢谢