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20 老师，请问做基因上游顺式元件分析时，只有cds文件，gff文件和pep文件，该如何提取promoter序列

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10 老师，请问只有gff文件，cds文件和pep文件，该如何做基因上游顺式元件分析

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在GSDS获得基因结构图时，我的gff文件里有40条，结果图上只有五条，是怎么回事呢？

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老师，请问一下，用TBtools打开meme.xml文件出现报错，这种情况是怎么回事呢？

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GSDS error 报错

  • Iron 2020-04-17 08:16
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老师，您好，最近做的bHLH转录因子的文章，我做序列比对的时候需要先知道它有几个亚家族吗是要从亚家族里边找出来几个氨基酸序列进行比对，怎么确认水稻和拟南芥属于这个亚家族，还是把物种的所有序列都比对，比如，拟南芥有二百多条，水稻有一百多条等，谢谢您

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怎么在hmmsearch的XXX.out结果里，截取基因ID，L最后再提取序列？Linux系统下怎么编码

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关于KA/KS的计算和种内圈图

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10 老师你好，最近我在使用tbtool的blast时发生报错

  • LGC 2020-04-15 03:10
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关于KAKS的方法选择以及密码子选择

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10 请问老师有没有get_gene_position.pl，get_gene_bed.pl，get_fa_by_id_from_bed.pl这个三个脚本的下载地址？

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bootstrap consensus tree的nwk文件不能正常打开

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10 老师您好，我想请问一下我用GSDS做顺式作用元件图时，提交结果只显示CDS的长度，并没有顺式作用元件，查看了基因ID也是对应的，且提交的时候并没有提示文件格式有误。请问这个情况如何解决

2 解决

10 老师您好，请问plantcare软件预测出来的顺式作用元件进行筛选绘图的时候需要区分正负链么，是只选择其一呢，还是都选？

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老师您好，我在用plantcare分析启动子时，提交序列之后报错，具体情况如下图

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TBtools启动子序列提取问题

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ka,ks 是NA怎么办

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请问一下大家ancestral divergence应该翻译成什么比较好那

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老师，我想知道除了虚拟机之外，另外一种鉴定基因家族成员的方法

  • 2020-04-11 12:59
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老师，如果不在linux运行，在分析外显子时如何获得gff格式的文件，谢谢