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20 老师你好，blast分析串联重复基因结果文件duplication_gene.out与MCScanX 结果文件 tandem的串联重复基因不一致怎么解释？

  • 2019-10-21 15:38
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20 在利用脚本得到重复基因的时候出现了报错open failed

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请问预测信号肽或者蛋白质亚细胞定位是用什么方法做的呢？谢谢老师

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hmmsearch的选择

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老师您好，我在作比较基因组学，麻烦您帮我看看这两个文件bed和cds有什么问题吗？因为出现AT3G10920 not in AT.bed这种问题

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gff文件中，左侧第一列中，AC. AP. Mt Pt. Syng~是什么意思，并且AC AP Mt Pt scaffold:syng~在cds pep文件中找不到对于序列

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motif功能

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circos中热图部分画不出来

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circos作图时，热图那个圈出现问题，画不出来

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20 有一个问题像请教一下大家，我用上课时老师给的脚本跑出来的tandem pair有两对，但是做基因定位染色体图时发现了更多的连在一起的重复基因，那么是我脚本没弄对还是基因定位染色体给到的串联重复不正确？

  • 2019-10-15 12:03
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3 python版本mcscan出错

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比较基因组学

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在菠萝文章里，哪个linkage groups是什么意思？和染色体有什么区别？

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在菠萝那篇文章里验证基因预测是否正确时，对不能用转录组数据比对回去的基因进行PCR验证，因为我不是学生物的，对PCR不了解，想问一下它是对那段基因的DNA进行扩增的吗？那段DNA是可以根据预测的序列人工制造出来吗？PCR扩增什么时候可以扩增出来什么时候扩增不出来呢？怎么就能验证基因的是否真的存在呢？

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MCScanX共线性分析，请问linux报错怎么解决？

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基因共线性blast出现warning警告提示

  • ollo 2019-10-07 12:26
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关于鉴定基因家族成员

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5 我在运行MCScanX时报错，以下是我的输入文件和报错截图

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KaKs问题，想问一下，有没有关于单子叶植物突变速率相关的文章，谢谢老师

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关于mcscan问题