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基因家族分析，通过blast方法只提取出了五个蛋白质序列怎么办？

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为什么提取出来的蛋白质ID，通过Perl脚本找不到它的序列呢？

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老师，如果用CDD(Batch CD-Search)搜索鉴定，出现这种情况，通常是什么原因？

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10 MCScanX制作pep.fa出现错误，请问怎么解决

  • 2020-07-22 19:09
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我用MCScan跑的染色体共线性图结果中，只显示出两条染色体，大部分用一个数线表示是什么意思呢，求救大神~~

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5 进行基因家族成员鉴定的时候，是不是在hmmsearch搜索后，只要用CDD或Pfam鉴定出含有该基因家族的保守结构域，就可以认为该基因属于这个家族吗？

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图中的用蛋白分子量筛选，那个蛋白分子量的筛选范围是所有基因家族通用的，还是仅限于Hsp20基因家族

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老师，建立hmmbuild模型后，再用hmmsearch搜索，搜索结果比第一次的还多的情况是正常的吗？

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5 我想问一下，对于MADS-box这种辅助域的Pfam号和DNA-binding的Pfam号不同的基因家族，做成员鉴定的时候，需要下2个种子序列不？

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顺势作用原件功能评估

  • 大k 2020-07-15 11:12
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你好，我在对进化树的分支进行美化的时候，出现这种情况，求解，谢谢

  • bobo 2020-07-13 09:06
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5 基于perl 提取基因家族内的串联重复基因对的脚步具体该怎么写？

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20 一个物种里面某个基因家族的基因加倍与扩张的方式有哪些？

  • 2020-07-07 12:41
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各位老师好，按照组学大讲堂的方法，blast手动方法查找，得到的基因对都只符合1，两个基因相似度大于75% 2，比对长度大于75%（相对于较长的基因），但是都不符合基因在同一条染色体且距离小于100kb，请问得到的这些基因对是什么？应该不是串联重复基因吧？谢谢

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10 生成gene_exon_info.gff文件后不能得到基因结构图

  • zhoy 2020-06-28 23:41
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10 老师，我在做甘蔗基因家族分析，发现hmmsearch完了之后得到的序列与传统的名称不太一样，因为他染色体命名好像是1A2A3A4A,1B2B3B4B这样的

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请问HMM搜索，对于无蛋白文件的基因组，可以对实验室自有的转录组序列或数据做筛选吗？

2 解决

60 用TBtools绘制两个物种的进化树+motif+基因结构三连图时报错问题

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进化树+motif+基因结构采用之前课程中介绍的TBtools把三者合成一个图的时候，基因名字重叠（分析用的序列数154条），看不清，图中字体大小无法批量修改！PS:输入少量序列进行分析，物种基因名字不会重叠，能看清这种情况怎么处理呢？

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