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mRNA2geneID.txt文件不能正常获得

  • zhoy 2020-03-09 00:22
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求问大佬，scaffold水平的circos图会影响生物学意义吗？

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老师我在做KAKS分析时，生成的.axt文件对比序列不是三的倍数，我按操作手册的方法，提高的筛选条件，

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5 求助大佬，MCScanX输出结果空白

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老师，我在做Mapchart绘制基因染色体位置图时遇到下面的问题

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5 求助大佬，通过id提取domain序列的时候，e_value设置1e-20一个都没有怎么办？

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5 老师您好，在用mcscan分析之前发现，gff文件里没有gene，只有cds和exon怎么处理？

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你好，请问小麦基因组中的Un是不是不能用于串联重复和片段重复分析?谢谢

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mcscanX相关问题

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5 clustalw我输入1,回车,结果1被删除,程序不运行,试了无数次都是这样,哪位知道这是为什么呀?谢谢了!检查序列没有重复

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基因加倍结果

  • Li 2020-03-04 20:16
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10 老师您好，做基因家族分析有几个问题不明白想问问您：（1）实在找不到组装到染色体的基因组，可以用scaffold水平的画基因重复性图吗？会不会影响发文章 （2）能不能分析两个比较有相关性的基因家族或者结合转录组分析，增加一点文章接受几率？（3）用hmmsearch筛选蛋白，构建新模型，再筛选，筛出来200多个蛋白，但是alignment之后发现保守结构域差别很大，gap特别多，是出了什么问题吗？

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老师，请问一下，由于从NCBI下载的数据中的基因、蛋白和染色体名称的不同导致用你给的W.sh文件的脚本提取不出转录本ID，该怎么办？

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5 请教老师mcscanX作图问题

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mcscan/AT.blast文件的生成

  • Li 2020-03-04 07:47
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求助大佬，想做基因家族分析，目标物种在网上只有三个组装的基因组，JGI上和NCBI其中一个都没有组装到染色体层面，NCBI另一个组装到染色体了，但是没有gff文件和蛋白序列，这种情况应该怎么办？不能做与染色体位置有关的分析了吗？

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请问老师用转录组分析得出的FPKM值做基因家族的基因表达量热图可以吗？

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KAKS格式转换

  • Li 2020-03-02 19:20
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你好，安装好Linux系统后，请问提取氨基酸序列的domain_xulie 的Perl脚本在哪里？

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老师，你好，安装好Linux系统后，请问提取氨基酸序列的domain_xulie 的Perl脚本在哪里？在script里没有找到该脚本。