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10 如何将hmmer search到的某一基因家族成员序列拼接成一条完整的序列

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老师，我的bed文件中的染色体号和seqid文件里的是一致的，但还是报错float divirision by zero

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老师，请问物种间mcscanx绘图报错float division by zero怎么处理。(已经确定两个bed文件和染色体的ID一致对应的)

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老师您好，我在做物种间共线性分析绘图时，显示list index out of range,我检查了准备的bed文件和cds文件没问题。请问这种情况怎么处理?

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mcscan分析删除“.1”的时候报错

  • 荣 2020-09-08 10:56
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老师您好!在课程里边有两处都讲到串联重复基因，前面一种通过相似性大于0.75计算出来的串联重复基因对，后边一种通过McscanX计算出来串联重复基因对请问两种方法都需要进行吗?

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老师您好!请问在计算基因家族ka/ks时，是所有的重复基因对（包括串联重复，片度复制，同源基因）都要进行计算吗，还是仅计算串联重复基因对一种

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老师您好，我在做基因家族共线性分析时出现了以下问题，您能给我答复一下吗，谢谢老师，祝您生活愉快！

  • 2020-09-03 16:07
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circos图配置文件整理

  • 荣 2020-08-30 23:23
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基因与mRNA的对应关系

  • Leo 2020-08-27 08:36
1 解决

转录本结构图的结果很差怎么办，应该怎么处理一下呢？？？是按实际情况显示，还是删除掉这些结果呀，求告知

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kaks计算

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基因组比对

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6 基因家族分析 处理GFF 文件里面ID不对应，该怎么处理

  • Leo 2020-08-21 16:34
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KAKS计算

  • 荣 2020-08-21 01:28
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利用gff文件提取基因结构，结果文件是空的

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老师你好，我做的是野生稻，栽培稻的某个基因家族对比分析，如果在进行共线性分析时，我要不要选取一个中间物种，比如拟南芥，然后分别与拟南芥绘制两个共线性图谱分析，还是就拿野生稻和栽培稻绘制一个图谱进行共线性分析好呢？

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利用gff文件提取基因结构，结果文件是空的

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绘图命令报错，layout文件也没有空行，请问老师是什么问题呢？/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype --format=pdf --figsize=15×5 mcscan_seqid.txt mcscan_layout.txt

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做基因家族的表达分析，有几个基因没有表达数据，该怎么处理，画热图的时候是建议不展示这几个没有表达数据的基因，还是把这些没有表达数据的基因用0表示