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老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文件非常慢，帮忙修改命令

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PAV基因列表中的基因1和基因2出现重复

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绘制PAV热图时，一个品系缺失，26个品系只有25个品系被画出来

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老师这是什么意思，为什么会这样，我要怎么办

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blast比对得到的基因进行构树，无法与拟南芥基因进行聚类

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在做系统发育树时遇到了问题

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这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

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Use of uninitialized value $id in lc at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/OmniscientI.pm会影响结果吗

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3 基因家族分析 kaks分析

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怎么利用hmmersearch批量提取不同基因组中的基因家族成员?

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镜像进不去，输入代码就这样。

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itol里面的控制面板control panel 找不到了

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3 gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-10 16:59
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泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

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这是我的文件名泛基因家族提取cds和pep的脚本应该怎么改呢

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泛基因家族，PAV分析提取id列表，确实一个基因组的信息，只统计了RH10-15，忽略了RH

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5 请问利用jcvi整理泛基因列表，做JCVI做共线性分析时，一直提示/bin/bash: lastdb: command not found，是没有安装Last软件包吗？目前使用的镜像是购买课程时老师提供的，数据是26个玉米基因组数据（由于空间不足，只用了19个基因组）

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ka/ks分析，有的基因没有axt文件

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这怎么添加ID或者是不是我下的文件的问题，那种文件是有ID的

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基因家族分析中的顺势作用元件分析问题