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泛基因家族分析的数据准备的里面有一个加载全局变量env.sh,请问这个有什么作用？里面改没改这个Ref=B73为自己的物种有什么区别呢，修改了要不要加这个基因组的具体路径？

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泛基因家族分析，核心基因等数量统计

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老师，我做基因家族基因结构变异信息时，只有8条结果，这个结果还能继续往下做么？我又做了一个家族，有70多条变异信息，这个结果怎么样

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泛基因家族分析绘制kaks>1频率分布的热图

2 解决

10 成功启动镜像，进入容器，把课程资料下载到本地并解压缩，为什么找不到课程资料

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泛基因家族分析数据准备里面，运行命令保留最长转录本结果都会报错，说是找不到文件，但文件存在在data目录下， ./.gff3.gz does not exist，Please verify the input file name/path

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泛基因组

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泛基因家族分析做PAV绘图时，总共20个样本，每次绘图后就剩19个

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hmmsearch运行时异常终止

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15 数据准备 检查变量对应有问题

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泛基因家族分析PAV_gene.list中基因数量，少于gene.pep.fa中序列的数目

3 解决

20 将基因组文件和gff文件批量链接到当前文件夹时，文件名出现问号，下一步对gff文件进行处理（保留蛋白编码基因）报错，应该怎么办

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在PAV分析绘制热图的时候，运行R脚本出现如下错误，请问怎么解决？这个aplot安装包安装也一直安装不了

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10 对gff文件进行处理，保留注释信息中能编码蛋白的基因。得到的结果文件‘.protein_coding.gff3’是空的，应该怎么办。所有品系都出现了这个问题。

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泛基因家族做完PAV分析后，发现有的物种没有任何一个基因

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5 老师，做顺势原件分析出现这种情况是什么原因呢？求解

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10 保留注释信息中能编码蛋白的基因，结果文件是空的应该怎么办？

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基因家族大概四十个基因，GO富集分析只有CC组数据正常吗？阈值调到0.1也依旧只有CC组

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各位老师好，请问我研究的是玉米泛基因家族，学习了泛基因的课程。这个家族搜索不到pf号，只有拟南芥鉴定出来的20条序列，我用这20条序列构建了一个hmmer文件，后面应该怎么和blast结合，以及应该怎么查看结构域，感谢解答~

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10 你好，我想请问一下。像在这篇土豆的文章里，ARF家族成员从1-28的编号，这个命名规则是怎样的啊？是作者人工定义的，但总有个编号排序的规则？

  • wsy 2026-05-19 11:36